визуализация сети clr в cytoscape

Question

Кто-нибудь знает, как я могу перейти от создания сети clr к визуализации сети с использованием cystoscape? Я использовал пакет MINET для создания сети CLr следующим образом:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("minet") 
library(Rgraphviz) 
library(minet) 

data(syn.data) 
mim <- build.mim(syn.data,estimator="spearman") 
#net<-minet(syn.data,"mrnet","mi.shrink","equalwidth",10) 
net <- clr(mim, skipDiagonal=1) 
graph <- as(net, "graphNEL") 

Приведенный выше код визуализирует сеть в моем rstudio, но я хотел бы иметь более приятный глядя сеть из Cytoscape, где я могу также иметь гибкость окраски узлы. Спасибо

Answer 1

У вас есть матрица смежности, в которой именами строк и имен являются вашими генами. Затем вы должны преобразовать этот файл матрицы в файл списка гурта:

graph_adj=as.data.frame(as.table(as.matrix(net))) 
write.table(graph_adj, "graph_adj.txt", sep="\t") 

Теперь вы можете открыть файл в Excel, отредактировать его и, наконец, импортировать Cytoscape.