Программа/сценарий для - Множественное тестирование локальных максимумов для обнаружения пиков

Question

Я анализирую геномные данные. Я ищу способ быстро проанализировать значительные пики шума для ряда статистических (например, Tajima D) мер по хромосоме.

Кто-нибудь знает сценарий, который реализует протокол обнаружения пиков, описанный в Garvilov and Adler (2011). Несколько тестов локальных максимумов для обнаружения пиков в 1D. Ann Stat 39 (6) 3290-3319, doi: 10.1214/1111-AOS943

Answer 1

Я сам работаю с подобной проблемой. Я не знаком с бумагой, которую вы цитируете, но я думаю, что в литературе GWAS традиционно определяется «значительная» по отношению к нулевому распределению в нейтральном ожидании, генерируемая путем перестановки, начальной загрузки и пересчета данных. Мне жаль «просить разъяснений», но не могли бы вы рассказать мне немного больше о вашем подходе и обосновании?