Встроенные библиотек R/markdown/pandoc из нескольких источников?

Кажется, простая проблема: у меня есть собранная библиография из pubmed в формате medline xml. Это хорошо работает с pandoc-citeproc для форматирования цитат и составления списка ссылок в конце документа. Теперь я хочу интегрировать цитаты из пакетов R, которые я использую, и создавать единую библиографию в pandoc (через pandoc-citeproc).Встроенные библиотек R/markdown/pandoc из нескольких источников?

pandoc-citeproc напишет библиографию yaml и json из моей ссылки xml. У меня все в порядке (возможно, ручное) слияние ссылок R и ссылки на Medline перед запуском pandoc. Но я не вижу ничего в цитировании() или pandoc-citeproc, который преобразуется в вывод medline и citation() в общий формат, который можно использовать для создания единой библиографии.

Спасибо за любые указатели, которые у вас есть.

источник

2016-07-15 Nathan Siemers

Я не знаю, pandoc-citeproc. Может ли он обрабатывать смешанные медианы и вход BibTeX? Если это так, toBIbtex (цитата (...)) заставит вас побывать там. Или он может преобразовать medline в BibTeX? Обратите внимание, что вам нужно выполнить ручное редактирование в записи toBibtex. – user2554330

Спасибо и да, способность pandoc обрабатывать различные ссылочные форматы на этапе компиляции - это решение –

Я использовал пакет BibTeX писать R ссылок на файл

library(ggplot2) 
library(plyr) 
library(limma) 
library(bibtex) 
write.bib(c('bibtex', 'ggplot2', 'plyr', 'Biobase', 'limma'), file "R.citations.bib")

pandoc принимает несколько аргументов --bibliography. Важно отметить, что если библиографию суффиксы имен файлов распознаются, вы можете использовать различные форматы библиографии (.medline это формат XML-NCBI), и pandoc кажется положить все вместе:
```
pandoc --bibliography bib.medline --bibliography R.citations.bib file.md -o file.docx 
```

источник

2016-07-16 18:32:00

Встроенные библиотек R/markdown/pandoc из нескольких источников?

ответ

Смежные вопросы