Получение R rJava работает на OSX El Capitan

Question

Я читал различные решения за последние 24 часа. Они не работают для меня.

Я пытался получить пакет glmulti, установленный в R. Он хотел rJava.

Для этого понадобилась версия 6 (или это 1.6) Java, которая была найдена как javaforosx 2015-001. Я установил его. Инструкции затем предложили изменить конфигурацию R с помощью команды sudo R CMD javareconf, я столкнулся с ошибкой:

Java interpreter : /usr/bin/java 
Java version  : 1.6.0_65 
Java home path : /Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home 
Java compiler : /usr/bin/javac 
Java headers gen.: /usr/bin/javah 
Java archive tool: /usr/bin/jar 
System Java on macOS 

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags : -I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers 
detected JNI linker flags : -framework JavaVM 
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -fPIC -Wall -mtune=core2 -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o 
conftest.c:1:10: fatal error: 'jni.h' file not found 
#include <jni.h> 

Есть много страниц предполагая, что делать, но ничего не работает для меня.

Я рассмотрел предложения от http://conjugateprior.org/2014/12/r-java8-osx/ и подумал, что, возможно, я должен использовать java 8 из Oracle. Устанавливается также.

Что было странно было то, что после установки Java 8, панель управления Java на странице System Preferences сказал, что у меня есть Java 1.8.0_121, и путь данный был /Library/Internet Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Содержание/Главная/бен/Java.

Но если я терминальную команду /usr/libexec/java_home я получаю

/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home 

и если я /usr/libexec/java_home -v 1.8 я

Unable to find any JVMs matching version "1.8". 
/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home 

Другие люди утверждают, что эта команда должна быть предоставлена ​​1.8.0 путь.

Веб-страница тестирования от Oracle утверждает, что у меня установлен 1.8.0. Команда java -version утверждает, что я бегу

java version "1.6.0_65" 
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_65-b14-468-11M4833) 
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.65-b04-468, mixed mode) 

После всего этого, первая проблема, как представляется, как ухватить jni.h?

Если вам нужна дополнительная информация, просто спросите.

Answer 1

Посмотрите здесь:

http://www.owsiak.org/?p=3671

вы можете найти там довольно подробное объяснение о том, как иметь дело с R, Java и rJava на MacOS.

Есть несколько шагов, которые необходимо предпринять, чтобы весь процесс прошел гладко.

Удачи с R и JNI!