Если у вас есть файлы в build/classes/folderToJar, Netbeans7 берет файлы .class и создает файл .jar, когда вы берете Clean и Build.Как вы включаете файлы .java и .html-файлы в файле .jar, когда вы берете очистку и сборку в Netbeans 7?
Но как у вас есть .java-файлы и .html-файлы также в файле .jar?