Почему RStudio показывает вручную вязаный pdf неправильно?

Question

Я использую последнюю версию RStudio (0.97.551) и R (3.0.1) на Mac OS X Mountain Lion 10.8.4.

У меня есть следующие два файла: test.Rnw

\documentclass{article} 

<<set-options, echo=FALSE>>= 
options(replace.assign=TRUE) 
opts_chunk$set(external=TRUE, cache=TRUE, echo=FALSE, fig=TRUE) 
read_chunk('chunks.R') 
@ 

\begin{document} 
\section{Graphics} 

<<chart, fig.height=4>>= 
@ 

\end{document} 

и chunks.R

## @knitr chart 
library(ggplot2, quietly=TRUE) 
Sys.sleep(3) 
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point(aes(size = qsec)) + 
    labs(title ="title with umlauts ä") 
p 
sessionInfo() 

При вязании этот документ в RStudio все в порядке:

Теперь я очищаю кеш и k nit документ вручную из сценария, выполняющего команды:

export TEXINPUTS=$TEXINPUTS:/Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/share/texmf/tex/latex/ 
/usr/bin/Rscript -e "library(knitr); knit(\"test.Rnw\")" 
pdflatex ./test.tex 

Все по-прежнему в порядке.

Но тогда я не очищаю кеш и снова вязать в RStudio. Ф-зритель RStudio теперь отображает диаграмму следующим образом:

Mac OS X Preview показывает, как PDFS штраф. Единственная разница в sessionInfo(), которую я вижу, - это порядок базовых пакетов.

У кого-нибудь есть идея, почему RStudio неправильно отображает графику?

Я не знаю, как разделить два pdf-файла. Поэтому, если кто-то нуждается в них и расскажет мне, как поделиться ими, я сделаю это.

ТИА, JW

Answer 1

RStudio устанавливает grDevices::pdf.options(useDingbats = FALSE) перед вызовом knitr (см панель Compile PDF, которая содержит журнал), а параметр useDingbats является TRUE по умолчанию во встроенном в PDF зрителя не честь Р. RStudio в шрифт Dingbats, поэтому круги (сплошные точки) были разбиты в своем средстве просмотра PDF, когда useDingbats = TRUE. См. ?pdf для получения дополнительной информации.

Вы не должны использовать средство просмотра PDF RStudio для просмотра созданного PDF за пределами RStudio. Есть и другие хорошие варианты в Tools -> Options -> Sweave -> PDF preview, такие как Sumutra PDF под Windows и evince под Linux. Я понятия не имею о Mac OS X, хотя (по крайней мере, вы можете использовать средство просмотра по умолчанию для системы, я полагаю).