Петля ждать результата или таймаута в r

Question

Я написал очень быстрый сценарий взрыва в r, чтобы обеспечить взаимодействие с API-интерфейсом NCBI. Иногда, однако, URL-адрес результата занимает некоторое время, и мой скрипт выдает ошибку, пока URL-адрес не будет готов. Есть ли элегантный способ (т. Е. Параметр tryCatch) для обработки ошибки до тех пор, пока результат не будет возвращен или не будет превышен через определенное время?

library(rvest) 
    ## Definitive set of blast API instructions can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/new/BLAST_URLAPI.html 
    ## Generate query URL 
    query_url <- 
    function(QUERY, 
      PROGRAM = "blastp", 
      DATABASE = "nr", 
      ...) { 
     put_url_stem <- 
     'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Put' 
     arguments = list(...) 
     paste0(
     put_url_stem, 
     "&QUERY=", 
     QUERY, 
     "&PROGRAM=", 
     PROGRAM, 
     "&DATABASE=", 
     DATABASE, 
     arguments 
    ) 
    } 

    blast_url <- query_url(QUERY = "NP_001117.2")  ## test query 
    blast_session <- html_session(blast_url)    ## create session 
    blast_form <- html_form(blast_session)[[1]]   ## pull form from session 
    RID <- blast_form$fields$RID$value  ## extract RID identifier 

    get_url <- function(RID, ...) { 
    get_url_stem <- 
     "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Get" 
    arguments = list(...) 
    paste0(get_url_stem, "&RID=", RID, "&FORMAT_TYPE=XML", arguments) 
    } 
    hits_xml <- read_xml(get_url(RID)) ## this is the sticky part 

Иногда это занимает несколько минут для get_url идти жить так, что я хотел бы это сделать, это продолжать попытки, скажем, каждые 20-30 секунд, пока он либо не производит URL или раз после предпусковой указанное время.

Answer 1

Я думаю, вы можете найти this answer about the use of tryCatch useful

Что касается «держать не пытаться, пока тайм-аут» части. Я думаю, вы можете работать сверху this other answer about a tryCatch loop on error

Надеюсь, это поможет.