Как ввести переменные среды только в качестве фактора (а не как непрерывные переменные) в функции capscale?

Question

Я выполняю анализ CAP (vegan, R) в таблице обитания видов, с 2 объясняющими факторами (Location and Complexity_Watson) и одной поясняющей непрерывной переменной (Depth..m.). Ниже вы найдете некоторые из моего кода:

species.cap=capscale(Species.MVA.DOV ~ Location + Depth..m. + 
    Complexity_Watson, data=Habitat.MVA.DOV, distance="bray", na.action=na.omit) 

Однако summary(species.cap) дает сложность расположения & как оба сдерживающих (непрерывных) переменных и сдерживающих факторов.

Как я могу убедиться, что он входит только в них как факторы? (Я попытался добавить factor(), но это дало тот же результат).

Когда я хочу отображать переменные среды, он создает как стрелки, так и центроиды для определения местоположения и сложности, в то время как мне нужны только центроиды (и стрелка для глубины).

Может ли кто-нибудь помочь мне?

Answer 1

Использование as.factor для изменения переменных к факторам, в dataframe Habitat.MVA.DOV

Habitat.MVA.DOV$Location <- as.factor(Habitat.MVA.DOV$Location) 
Habitat.MVA.DOV$Complexity_Watson <- as.factor(Habitat.MVA.DOV$Complexity_Watson) 

Для черчения вопрос вы должны понимать, что plot звонит plot.cca. Используйте раздел справки в plot.cca, чтобы определить решение вашего вопроса.

Я думаю, что вы хотите:

plot(species.cap, display = "cn") #cn stands for centroid, see help for other options 
?plot.cca # gets you to the documentation/help on plot.cca 

Кроме того, vegan tutorial является хорошим справочником с полезными примерами.