Как вы завершаете скрипт polyfill как модуль AMD и условно загружаете его с помощью Modernizr и RequireJS?RequireJS: Условно загрузить Polyfill с помощью Modernizr
(Фигурный его в то время как я был разработка моего вопроса. - разместить ответ для тех, кто еще пытается сделать то же самое)
в вашем примере вы требует JQuery дважды , Если jQuery-заполнитель - единственная причина, по которой требуется jQuery, то в первом случае мне потребуется только Modernizr, а не jQuery. Кроме того, использование [RequireJS shim] (http://requirejs.org/docs/api.html#config-shim) вместо копирования исходного кода поставщика внутри оболочки модуля считается более практичным, поскольку вы оставляете код поставщика как есть и может заменить его в любой момент. –