R CMD BATCH script.R, выполнение через трюк run() никогда не выходит

Я написал сценарий с помощью boto для установки приложения R на экземпляр AWS. Fedora 23R CMD BATCH script.R, выполнение через трюк run() никогда не выходит

Все команды, использующие запуск & функции Судо идти, как и ожидалось,

кроме этого один:

@parallel 
def install_DvD(): 
#  with settings(hide('warnings', 'running', 'stdout', 'stderr'), warn_only=True): 
      cmd0 = 'R CMD BATCH %s/DvDdependencies.R' % (DvDpackage_location) 
      run(cmd0)

Как вы заметили, я попытался с помощью «warn_only = истина», и что сделал нет помощи. Установка завершается успешно с ошибками, я проверяю это вручную, войдя в экземпляр и просматривая файл DvDdependencies.Rout. Я думаю, что по причинам, не связанным со мной, команда R CMD BATCH не возвращает выполнение обратно в ткань.

Выход отслеживающий из Ctrl^с процессом ткани на моей локальной системе:

[ec2-54-172-154-181.compute-1.amazonaws.com] run: R CMD BATCH ~/DvDdependencies.R 
[ec2-54-165-109-62.compute-1.amazonaws.com] run: R CMD BATCH ~/DvDdependencies.R 


^C 
Stopped. 
!!! Parallel execution exception under host u'ec2-54-165-109-62.compute-1.amazonaws.com': 
!!! Parallel execution exception under host u'ec2-54-172-154-181.compute-1.amazonaws.com': 
Process ec2-54-172-154-181.compute-1.amazonaws.com: 
Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/lib64/python2.7/multiprocessing/process.py", line 258, in _bootstrap 
    self.run() 
    File "/usr/lib64/python2.7/multiprocessing/process.py", line 114, in run 
Process ec2-54-165-109-62.compute-1.amazonaws.com: 
    self._target(*self._args, **self._kwargs) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/tasks.py", line 242, in inner 
Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/lib64/python2.7/multiprocessing/process.py", line 258, in _bootstrap 
    submit(task.run(*args, **kwargs)) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/tasks.py", line 174, in run 
    return self.wrapped(*args, **kwargs) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/decorators.py", line 181, in inner 
    self.run() 
    File "/usr/lib64/python2.7/multiprocessing/process.py", line 114, in run 
    self._target(*self._args, **self._kwargs) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/tasks.py", line 242, in inner 
    return func(*args, **kwargs) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/fabfile.py", line 70, in install_DvD 
    run(cmd0) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/network.py", line 649, in host_prompting_wrapper 
    submit(task.run(*args, **kwargs)) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/tasks.py", line 174, in run 
    return self.wrapped(*args, **kwargs) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/decorators.py", line 181, in inner 
    return func(*args, **kwargs) 
    return func(*args, **kwargs) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/operations.py", line 1056, in run 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/fabfile.py", line 70, in install_DvD 
    run(cmd0) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/network.py", line 649, in host_prompting_wrapper 
    return func(*args, **kwargs) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/operations.py", line 1056, in run 
    shell_escape=shell_escape) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/operations.py", line 925, in _run_command 
    stderr=stderr, timeout=timeout) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/operations.py", line 811, in _execute 
    time.sleep(ssh.io_sleep) 
KeyboardInterrupt 
    shell_escape=shell_escape) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/operations.py", line 925, in _run_command 
    stderr=stderr, timeout=timeout) 
    File "/home/eyebell/local_bin/healX/DvD-installation/py2fabvirt/lib/python2.7/site-packages/fabric/operations.py", line 811, in _execute 
    time.sleep(ssh.io_sleep) 
KeyboardInterrupt

Полный сценарий здесь в моем github repo, расположение DvDdependencies.R (сценарий, который я хочу установить)

Любые комментарии, помощь или рекомендации в правильном направлении оцениваются.

источник

2016-01-13 gprakhar

Итак, когда вы запускаете 'R CMD BATCH /DvDdependencies.R' вручную, вы получаете подсказку назад, но через ткань вы не делаете? ... interesting –

Да проверена, что команда вручную работает и выходит. В дополнение к этому у меня есть команды $ R CMD INSTALL package.tar.gz, они тоже работают без каких-либо проблем. – gprakhar

Я закрываю это, так как проблема связана только с этим скриптом. Также был обновлен способ установки для инструмента DvD, , поэтому это больше не представляет интереса.

источник

2016-02-15 07:26:34 gprakhar

R CMD BATCH script.R, выполнение через трюк run() никогда не выходит

ответ

Смежные вопросы