Примените функцию dplyr ко многим файлам

Question

Я хотел бы объединить функцию dplyr через каталог csv-файлов. Я знаю, как реализовать команду для одного файла, но было бы полезно сделать это для всего каталога, чтобы ускорить процесс, а также создать выходной файл, содержащий сводные данные для каждого файла, к которому была применена функция ,

По существу, каждый файл csv содержит информацию о видах, отобранных в сообществе, на нескольких заводах-хозяевах и годах. Я хотел бы обобщить количество уникальных таксонов, отобранных заводом-изготовителем и годом. Я могу сделать это с помощью:

taxa <- file %>% group_by(crop, year) %>% summarise(num_taxa=n_distinct(taxon)) 

Глядя на некоторые примеры здесь, я знаю, как читать в списке файлов и настройки функции приложения с помощью lapply. Тем не менее, у меня возникают трудности с внедрением рабочей функции и созданием выходного файла со сводными данными для всех файлов. Любые советы будут очень признательны.

Answer 1

я такого рода вещи, используя purrr::map() над dplyr::do(), потому что map подход собирается заменить dosomeday.

library(tidyverse) #for dplyr, readr and purrr 

summary <- map2_df(
    list_of_files, 
    names(list_of_files), 
    ~ read_csv(.x) %>% 
     group_by(crop, year) %>% 
     summarise(num_taxa = n_distinct(taxon)) %>% 
     mutate(id = .y)) 

write_csv(summary, name_of_output_file) 

Это создает ваше резюме путем отображения dplyr цепи к list_of_files (.x) и names(list_of_files) (.y). Затем он связывает их вместе и передает вам единый фреймворк с сводкой всех файлов с удобным столбцом идентификаторов для отладки. Вторая строка записывает выходные данные в csv.