Как включить вывод R stderr в документе Sweave

Question

Я работаю над вине R-пакетами, и есть ряд случаев, когда я хотел бы включить вывод ошибки в документ в качестве примера для пользователей.

Так Sweave код кусок

<<throws_error>>= 
stop('hello') 
@ 

бы идеально подготовить документ с

stop('hello') 
Error: hello 

Моим реальным примером является довольно долго работает процесс, и я хотел бы захватить вывод предупреждений и сообщений, а также ошибок.

Я испортил различные варианты кода Sweave, включая параметры. Единственное решение, с которым я столкнулся, - это иметь скрытый фрагмент кода, который печатает текст ошибки с cat() - вот что поражает цель использования Sweave. Похоже, может быть возможно решение с функцией sink(), чтобы как-то перенаправить stderr, но также не смогли понять это. Какие-либо предложения?

Answer 1

Вы используете Sweave или knitr для создания ваших файлов LaTeX и pdf?

По умолчанию с knitr под RStudio, созданный документ - это почти то, что вы хотите получить.

Под Sweave, вы можете использовать следующий метод обхода, взятый из this message on R-help:

%outputs the R code but does not execute it. So no error 
<<echo=TRUE, eval=FALSE>>= 
stop('hello') 
@ 

% executes the code but displays only the error 
<<echo=FALSE, eval=TRUE>>= 
cat(try(stop('hello'))) 
@