Создание совместной кластеризации для матрицы смещения треугольника краевого узла в R/Python

Question

У меня есть следующая граничная матрица (row) node (cols), в которой у нас есть одна в каждой записи, если край принадлежит треугольнику , Я хочу сделать совместную кластеризацию на этой матрице (но, как вы видите, это не обычная матрица смежности). Любое, хотя, если в R уже есть некоторые функции сглаживания? Я знаю, что R включает функцию cocluster в blockcluster, но не смог найти хорошо представленный пример для работы с ним. Коды/пакеты Python/R должны работать для меня.

Вот граф

library(igraph) 
set.seed(1) 
g <- erdos.renyi.game(15, .6) 

73 x 15 sparse Matrix of class "dgCMatrix" 

[1,] 1 1 . . . . . . . . . . . . . 
[2,] . 1 1 . . . . . . . . . . . . 
[3,] 1 . . . 1 . . . . . . . . . . 
[4,] . 1 . . 1 . . . . . . . . . . 
[5,] . . 1 . 1 . . . . . . . . . . 
[6,] . . . 1 1 . . . . . . . . . . 
[7,] 1 . . . . 1 . . . . . . . . . 
[8,] . . . 1 . 1 . . . . . . . . . 
[9,] 1 . . . . . 1 . . . . . . . . 
[10,] . 1 . . . . 1 . . . . . . . . 
[11,] . . 1 . . . 1 . . . . . . . . 
[12,] . . . . . 1 1 . . . . . . . . 
[13,] 1 . . . . . . 1 . . . . . . . 
[14,] . . 1 . . . . 1 . . . . . . . 
[15,] . . . 1 . . . 1 . . . . . . . 
[16,] . . . . 1 . . 1 . . . . . . . 
[17,] . . . . . 1 . 1 . . . . . . . 
[18,] . . . . . . 1 1 . . . . . . . 
[19,] 1 . . . . . . . 1 . . . . . . 
[20,] . . . 1 . . . . 1 . . . . . . 
[21,] . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 
[22,] . . . . . 1 . . 1 . . . . . . 
[23,] . . . . . . 1 . 1 . . . . . . 
[24,] . . . . . . . 1 1 . . . . . . 
[25,] 1 . . . . . . . . 1 . . . . . 
[26,] . 1 . . . . . . . 1 . . . . . 
[27,] . . 1 . . . . . . 1 . . . . . 
[28,] . . . . 1 . . . . 1 . . . . . 
[29,] . . . . . . 1 . . 1 . . . . . 
[30,] . . . . . . . 1 . 1 . . . . . 
[31,] . . . . . . . . 1 1 . . . . . 
[32,] . . 1 . . . . . . . 1 . . . . 
[33,] . . . 1 . . . . . . 1 . . . . 
[34,] . . . . 1 . . . . . 1 . . . . 
[35,] . . . . . 1 . . . . 1 . . . . 
[36,] . . . . . . . 1 . . 1 . . . . 
[37,] . . . . . . . . 1 . 1 . . . . 
[38,] . 1 . . . . . . . . . 1 . . . 
[39,] . . 1 . . . . . . . . 1 . . . 
[40,] . . . 1 . . . . . . . 1 . . . 
[41,] . . . . 1 . . . . . . 1 . . . 
[42,] . . . . . 1 . . . . . 1 . . . 
[43,] . . . . . . 1 . . . . 1 . . . 
[44,] . . . . . . . 1 . . . 1 . . . 
[45,] . . . . . . . . 1 . . 1 . . . 
[46,] . . . . . . . . . . 1 1 . . . 
[47,] 1 . . . . . . . . . . . 1 . . 
[48,] . 1 . . . . . . . . . . 1 . . 
[49,] . . 1 . . . . . . . . . 1 . . 
[50,] . . . 1 . . . . . . . . 1 . . 
[51,] . . . . . 1 . . . . . . 1 . . 
[52,] . . . . . . 1 . . . . . 1 . . 
[53,] . . . . . . . . 1 . . . 1 . . 
[54,] . . . . . . . . . 1 . . 1 . . 
[55,] . . . . . . . . . . 1 . 1 . . 
[56,] 1 . . . . . . . . . . . . 1 . 
[57,] . 1 . . . . . . . . . . . 1 . 
[58,] . . 1 . . . . . . . . . . 1 . 
[59,] . . . 1 . . . . . . . . . 1 . 
[60,] . . . . . 1 . . . . . . . 1 . 
[61,] . . . . . . . 1 . . . . . 1 . 
[62,] . . . . . . . . . 1 . . . 1 . 
[63,] . . . . . . . . . . 1 . . 1 . 
[64,] . . . . . . . . . . . . 1 1 . 
[65,] . 1 . . . . . . . . . . . . 1 
[66,] . . . 1 . . . . . . . . . . 1 
[67,] . . . . 1 . . . . . . . . . 1 
[68,] . . . . . 1 . . . . . . . . 1 
[69,] . . . . . . 1 . . . . . . . 1 
[70,] . . . . . . . 1 . . . . . . 1 
[71,] . . . . . . . . . . 1 . . . 1 
[72,] . . . . . . . . . . . . 1 . 1 
[73,] . . . . . . . . . . . . . 1 1 

** cocluster функция не работает на этой матрице, даже после того, как я сделал это, как стандартную матрицу. Таким образом, я не уверен, могу ли я сделать коклюширование на матрице смежности краев или узлом или же просто стандартную матрицу смежности. Пожалуйста, задавайте мне вопросы до голосования по этому вопросу или принятия решения о его закрытии, и я постараюсь как можно больше уточнить.

Answer 1

Там находится biclustering в scikit-учи (так же, как со-кластеризация)

http://scikit-learn.org/stable/modules/biclustering.html

http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/bicluster_newsgroups.html

http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/plot_spectral_biclustering.html

Я не знаю R часть вашего вопроса

Answer 2

library(igraph) 

library(blockcluster) 

set.seed(1) 
g <- erdos.renyi.game(15, .6) 
m <- get.adjacency(g) 
m <- as.matrix(m) 

cc <- cocluster(m, datatype="binary", nbcocluster=c(3,3)) 

работает хорошо.