0
У меня возникли проблемы с работой Rstan для работы с моей установкой OSX. Справочную информацию, моя система выглядит следующим образом:Ошибка при компиляции Rstan на OS X
- OSX Yosemite v 10.10.5
- R 3.2.1 GUI 1.66 Mavericks
Каждый раз, когда я бегу модель в стан R через R. стан, я получаю следующее сообщение об ошибке (независимо от модели я бегу, так что код стан уже проверен на наличие синтаксических ошибок)
Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) :
Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from file32b7b27a829.cpp:465:
In file included from /usr/local/lib/R/3.2/site-library/rstan/include/rstan/rstaninc.hpp:3:
In file included from /usr/local/lib/R/3.2/site-library/rstan/include/rstan/stan_fit.hpp:75:
In file included from /usr/local/include/stan/services/mcmc/run_markov_chain.hpp:5:
/usr/local/include/stan/io/mcmc_writer.hpp:138:23: error: no member named 'is_recording' in 'rstan::rstan_sample_writer'
if (!recorder.is_recording())
~~~~~~~~^
/usr/local/include/stan/io/mcmc_writer.hpp:155:9: note: in instantiation of function template specialization 'stan::io::mcmc_writer<model32b75b587019_FamaFrench_COV_estimate_namespace::model32b75b587019_FamaFrench_COV_estimate, rstan::rstan_sample_writer, stan::interface_callbacks::writer::csv, stan::interface_callbacks::writer::messages>::write_adapt_finish<rstan::rstan_sample_writer>' requested here
write_adapt_finish(sampl
In addition: Warning message:
running command '/usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/bin/R CMD SHLIB file32b7b27a829.cpp 2> file32b7b27a829.cpp.err.txt' had status 1
>
Другая необходимая информация:
I может успешно запустить тестовую программу в PyStan. Похоже, что это проблема в основном с Rstan.
Может ли кто-нибудь дать мне какие-либо сведения о том, как я могу решить эту проблему?
Похоже, какой-то варева вещи. Если да, запустите 'brew doctor' –
Какую версию RStan вы используете? Похоже, у вас есть несовместимая версия Stan внутри RStan, которая может произойти, если вы обновляете подмодуль Stan независимо от RStan. – syclik
Кажется, что у вас есть конфликт между разными версиями Стэна. Он ищет '/ usr/local/include/stan/services/mcmc/run_markov_chain.hpp', но он должен искать только пакеты, связанные с Stan, в пакете StanHeaders или пакете rstan. Убедитесь, что вы установили rstan с 'dependencies = TRUE' и что ваши CFLAGS правильно установлены в ~/.R/Makevars –