Ну, для доступа к USB-устройству из Flex или Java вам понадобится библиотека/API, которая предлагает доступ к USB.
К сожалению, ни Flex, ни Java не имеют API, который поддерживает USB-устройства в своем стандартном JDK.
Существует USB-интерфейс для Java, разработанный в соответствии с JSR 80:
http://javax-usb.org/
Это не (? Еще) часть JDK, но стандартизирован. К сожалению, существуют только версии для Linux и BSD. Возможно, вы сможете это использовать. См. Также using java and usb: Which api? jsr-80, jusb, ...?.
Это, пожалуйста, вы можете рассмотреть другие варианты. Может быть, вы можете написать небольшую программу-оболочку для сканирования, и попросите апплет это сделать? Подписанные Java-апплеты могут вызывать собственное программное обеспечение в системе.
Или просто позвольте людям указать каталог для чтения изображений (опять же, возможно, если подписан Java-апплет), тогда люди используют обычное программное обеспечение сканера для сканирования в этот каталог. Вы можете даже опросить каталог, поэтому апплет автоматически подбирает изображение ...