Как искать шаблон, включая пробелы в awk?

Question

Я хочу найти шаблон, который является сложным, я уже узнал, что я должен указать \ | вместо | в сценарии, но как включить пробелы в соответствие с этим точным шаблоном.

TR40663|c0_g1_i2|m.33339 TR40663|c0_g1_i2|g.33339 ORF TR40663|c0_g1_i2|g.33339 TR40663|c0_g1_i2|m.33339 type:5prime_partial len:1730 (+) TR40663\|c0_g1_i2:3-5192(+) [specie] 

Я должен использовать этот код, который извлекает последовательность, связанную с рисунком

awk 'BEGIN{RS=">";FS="\n"}NR>1{if ($1~/pattern) print ">"$0}' file 

Я не знаю, если ~/также баловаться с кодом. Позже я передам список элементов внутри нескольких файлов, но на данный момент я хочу сначала проверить этот шаблон/поиск.

Спасибо за помощь

Answer 1

~/ не является оператором. ~ является оператором сравнения regexp и /.../ являются статическими регулярными выражениями. Избавьтесь от / от ~/, так как я уверен, что синтаксическая ошибка уже говорит вам об этом.

Синтаксис для использования dymamic регэкспы является:

awk -v re='foo \\| bar' '$0 ~ re' file 

или:

awk -v re='foo [|] bar' '$0 ~ re' file 

Никогда не используйте слово pattern, кстати, как это неоднозначное и вводит в заблуждение. В awk вы всегда должны использовать слова regexp или string, а оболочка использует globbing patterns, которые аналогичны регулярным выражениям в функциональности и синтаксисе, но очень различаются по семантике.

Answer 2

если pattern является переменнойAWK, который содержит строку, представляющую регулярное выражение, то вы должны написать

if ($1 ~ pattern) 

с ни в слэшах.

если pattern просто заполнитель в вашем вопросе для фактического регулярных выражений, то вы пропустили конечный слэш:

if ($1 ~ /pattern\|goes\|here/) 

Примечания:

• ~/ не является оператором AWK
• Оператор соответствия регулярному выражению: ~
• Литеральные шаблоны регулярных выражений заключены в косые черты : /foo.*bar/