Как вы добавляете границы на тепловую карту, созданную пакетом pheatmap R?

Question

Я создаю Heatmap, используя следующий код:

pheatmap(tissuedata3, 
    color = colorRampPalette(rev(c("#D73027", "#FC8D59", "#FEE090", "#FFFFBF", "#E0F3F8", "#91BFDB", "#4575B4")))(100), 
    cellwidth = 20, cellheight = 2.8, 
    border=TRUE, 
    treeheight_row=0, 
    treeheight_column=0, 
    kmeans_k = NA, 
    show_rownames = T, show_colnames = T, 
    fontsize=2, 
    scale="none", 
    clustering_method = "complete", 
    cluster_rows = FALSE, cluster_cols = TRUE, 
    clustering_distance_rows = "euclidean", 
    clustering_distance_cols = "euclidean", 
    legend=TRUE, 
    ) 

Однако полученный Heatmap не содержит каких-либо границ. Кто-нибудь знает, как добавить границы к ячейкам и тепловой карте в целом?

Answer 1

Я думаю, что правильный параметр border_color, по умолчанию «grey60», поэтому я подозревал (как оказалось, неправильно), вы получили частичное совпадение имени из вашего аргумента «граница», значение которого становится colors()[1], которое равно [1] белый».

Try:

library(pheatmap) 
pheatmap(tissuedata3, 
color = colorRampPalette(rev(c("#D73027", "#FC8D59", "#FEE090", "#FFFFBF", "#E0F3F8", "#91BFDB", "#4575B4")))(100), 
cellwidth = 20, cellheight = 3, # changed to 3 
border_color="blue", 
treeheight_row=0, 
treeheight_column=0, 
kmeans_k = NA, 
show_rownames = T, show_colnames = T, 
fontsize=2, 
scale="none", 
clustering_method = "complete", 
cluster_rows = FALSE, cluster_cols = TRUE, 
clustering_distance_rows = "euclidean", 
clustering_distance_cols = "euclidean", 
legend=TRUE 
)