Изображение пустого изображения

Question

Я использую simpleITK для обработки изображений МРТ в формате .mha. Впоследствии я преобразую его в массив numpy. Я могу визуализировать изображения, используя matplotlib. Однако, если я выполняю какую-либо предварительную обработку или умножу изображение на свою двоичную маску, все, что я получаю, является пустым изображением. Есть что-то, чего я не вижу. Мой упрощенный код показан ниже.

import SimpleITK as sitk 
import numpy as np 
from matplotlib import pyplot as plt 
input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image) 
plt.imshow(input_array[0,:,:],cmap = 'gray') # I get an image for this. No preprocessing has been performed. 
plt.show() 
# However, if I replace input_array after preprocessing, I get a black square. 

Я думаю, что это как-то связано с диапазоном данных, но я не могу точно определить, где. Изображение, визуализированное перед предварительной обработкой, имеет максимальное значение 744. После предварительной обработки это опускается до 4, и именно тогда возникают проблемы. Любые указатели на то, где я могу ошибиться?

Answer 1

Перед обработкой вы должны проверить свой тип пикселя изображения. Объем тома MRI, который вы тестируете, имеет тип пикселя sitkInt32 (Signed 32 bit integer). Таким образом, существует высокая вероятность того, что ваша обработка (например, операции разделения) сделает ваши значения пикселей нулями и вы получите черные изображения. Вы можете отдать свой образ, чтобы плавать с помощью SimpleITK:

input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
print(input_image.GetPixelIDTypeAsString()) 
input_image = sitk.Cast(input_image,sitk.sitkFloat32) 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image) 

или изменить Numpy тип данных массива перед обработкой:

input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image) 
input_array = input_array.astype(np.float32) 

Подробнее о типах пикселей на SimpleITK Image Basics notebook.