Gephi видит несколько ребер между узлами как параллельно, даже если они имеют различные временные интервалы

Question

Я использую Gephi версии 0.82, R версии 3.1.2 и rgexf версии 0.13.8

Я создал динамический файл gexf с помощью R -package rgexf. Gephi определяет формат времени, используемый в файле gexf. Однако, когда я пытаюсь открыть его, я получаю предупреждение «Параллельные ребра еще не поддерживаются ...» (даже если я удостоверяю, что начальные и конечные даты ребер не совпадают) и все веса ребер для разных периодов времени объединяются в край первого периода. Как я могу гарантировать, что Gephi распознает вывод из R? Вот код, который я использую в R

'library(igraph)  
library(XML) 
library(Rook) 
library(rgexf) 

year=2013 

nodes_ini <- read.csv("network labels.csv") 
edges_ini <- read.csv("network edges dynamic3.csv") 

nodes_ini <- as.matrix(nodes_ini[]) 
edges_ini <- as.matrix(edges_ini[]) 

edges <- edges_ini[,1:2] 
nodes <- nodes_ini[,1:2] 
edges <- data.frame(edges) 
nodes <- data.frame(nodes) 

edgeweight <- edges_ini[,3] 
edgeweight <- as.matrix(edgeweight) 
nodesatt <-nodes_ini[,3:9] 
nodesatt <- as.matrix(nodesatt) 
nodesize <- nodesatt[,(2014-year)] 
nodesize <- as.matrix(as.numeric(nodesize)) 

edgetimes <- as.matrix(edges_ini[,4:5]) 
edgetimesdate1 <- as.Date(edgetimes[,1], "%Y-%m-%d") 
edgetimesdate2 <- as.Date(edgetimes[,2], "%Y-%m-%d") 
edgetimesdate11 <- data.frame(edgetimesdate1) 
edgetimesdate22 <- data.frame(edgetimesdate2) 
edgetimesdate <- cbind(edgetimesdate11, edgetimesdate22) 



write.gexf(nodes,edges,edgesWeight = edgeweight,tFormat = "date",edgeDynamic = edgetimesdate,nodesVizAtt = list(size=nodesize),defaultedgetype="directed",output="C:/Users/gorkem/Desktop/exercise/gephi/rgexf/first3.gexf")` 

Answer 1

Дело в том, что вы используете версию с ошибкой (http://cran.r-project.org/web/packages/rgexf/news.html). Начиная с версии 0.14.3 опция keepFactors обрабатывает типы данных факторов. Предыдущие версии этого не видели, поэтому метки меток краев/узлов (и идентификаторы) были получены непосредственно из числовой части фактора. Теперь, если проблема не устранена, сообщите об ошибке https://bitbucket.org/gvegayon/rgexf/issues, и я попытаюсь ее исправить.

С наилучшими пожеланиями,

Джордж

Answer 2

Однако, когда я пытаюсь открыть его, я получаю предупреждение «Параллельные края не поддерживаются еще ...» (даже когда я убедитесь, что начало и конечные даты ребер не совпадают), и все веса ребер для разных периодов времени объединяются в край первого периода. Как я могу гарантировать, что Gephi распознает вывод из R?

Это impossible using Gephi v0.8.2 (параллельные края будут объединены безоговорочно).