RStudio: ошибка в .jarray (m): java.lang.OutOfMemoryError: пространство кучи Java

Question

Чтобы иметь возможность запускать дополнительные extrrees (для чего мне нужно создавать экстремальные рандомизированные деревья), мне нужно было установить пакет Rjava в RStudio , Приведенный ниже код отлично работает, когда я использую его в ограниченном количестве данных (1000 наблюдений ..) Однако мне нужно иметь возможность запускать код в наборе данных размером 50 000-100 000 наблюдений, итератировать его примерно в 50 раз. .

library(rJava) 
library(extraTrees) 

et <- extraTrees(Input, Output, ntree = 300 ,nodesize=3, numRandomCuts=2, numThreads= 4) 

Когда я пытаюсь запустить это я получаю следующее сообщение об ошибке:

Error in .jarray(m) : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space 

кто-нибудь знает, как это исправить? Я искал ответ, но не нашел, как поместить его в среду RStudio.

Answer 1

Флаг Xmx управляет размером кучи времени выполнения Java. Вы можете увеличить это значение до большего значения, которое может позволить вашему R запускать код, не попав в потолке:

> options(java.parameters = "-Xmx4g")  # or 8g, or larger than this, ... 

Обратите внимание, что это должно увеличить кучу только для процесса Java под названием вашего R сценарий. Вне R, независимо от того, какой размер кучи использовался вашей Java, он должен оставаться прежним. Вы также можете изменить его извне, если хотите.

Я знаю о Xmx, но не знаю, как это сделать из консоли R. Для этого я нашел этот полезный пост в блоге:

http://www.bramschoenmakers.nl/en/node/726