Это обычная настройка, я использую ее. Если вы можете создать новый веб-модуль ATG, тогда вы тоже сможете это сделать.
Создайте тестовое приложение из вашего плагина atg и скопируйте его .classpath и .project файлы в папку CommerceReferenceStore в корневом каталоге ATG, не забудьте изменить имя проекта в файле .project. Вы можете изменить путь к классу после импорта проекта для затмения.
затем зайдите в затмение и импортируйте уже существующий проект (без использования плагина atg), вам хорошо идти.
Если вы хотите получить отдельные модули в качестве проектов, добавьте эти два файла в отдельные модули и импортируйте их в затмение.
Надеюсь, это поможет!