2016-10-12 4 views
1

Когда я пытаюсь установить roxygen2 я получаю:не удается установить roxygen2 на Debian Jessie

> sudo Rscript -e 'install.packages("roxygen2", repos="http://mirrors.dotsrc.org/cran/")'   
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'http://mirrors.dotsrc.org/cran/src/contrib/roxygen2_5.0.1.tar.gz' 
Content type 'text/plain' length 106197 bytes (103 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 103 Kb 

* installing *source* package ‘roxygen2’ ... 
** package ‘roxygen2’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/usr/lib/R/site-library/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/usr/lib/R/site-library/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c isComplete.cpp -o isComplete.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/usr/lib/R/site-library/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c leadingSpaces.cpp -o leadingSpaces.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/usr/lib/R/site-library/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c parser2.cpp -o parser2.o 
parser2.cpp: In function ‘Rcpp::CharacterVector find_includes(std::string)’: 
parser2.cpp:165:35: error: too many arguments to function ‘void Rcpp::stop(const string&)’ 
    stop("Failed to open %s", path); 
           ^
In file included from /usr/lib/R/site-library/Rcpp/include/RcppCommon.h:131:0, 
       from /usr/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp.h:27, 
       from parser2.cpp:1: 
/usr/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp/exceptions.h:195:17: note: declared here 
    inline void stop(const std::string& message) { 
       ^
/usr/lib/R/etc/Makeconf:137: recipe for target 'parser2.o' failed 
make: *** [parser2.o] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘roxygen2’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/roxygen2’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpSn8jzt/downloaded_packages’ 
Warning message: 
In install.packages("roxygen2", repos = "http://mirrors.dotsrc.org/cran/") : 
    installation of package ‘roxygen2’ had non-zero exit status 

Я попробовал несколько различных сделок РЕПО, но результат всегда один и тот же. Это проблема с версией, опубликованной в репозиториях? Что еще я мог попробовать?

ответ

2

Hadley заметил эту проблему с другими пакетами и заявил на нитке Github, что решение заключается в использовании Дева verstion из Rcpp, т.е.

install_github("RcppCore/Rcpp") 

Таким образом, обновления Rcpp затем полностью отключает все RStudio и R процессов, затем перезагрузите и переустановите roxygen2.

+0

Я не думаю, что ответ правильный. CRAN-версия Rcpp должна быть прекрасной: я использую как выпущенные версии roxygen2, так и Rcpp на нескольких машинах дома и на работе, они идут в контейнеры Rocker для Docker и т. Д. Затем я в основном использую Debian «тестирование», а не стабильный , Наиболее вероятным виновником может быть более ранняя версия дистрибутива «r-cran-rcpp» на этой машине. Так что просто добавьте Rcpp из CRAN, и вы хороши. FWIW, I * по существу никогда не рекомендую 'install_github()', поскольку у нас есть правильные процедуры выпуска для Rcpp. Получение случайных снимков из GitHub гораздо более случайное. –