Да можно из командной строки Linux оболочки с использованием Баш скрипт (конечно, вы можете использовать любой другой тип сценария, как Perl/Python или даже PHP).
Допустим, вы сохраните новый яваскрипта код в файл с именем new.js. Затем вы можете выполнить поиск по всему сайту (при условии, что файл javascript, который вы хотите заменить, будет одинаковым на всех ваших учетных записях).
for i in `find /home/*/public_html/javscript-file.js`; do cat /path/to/new.js > $i; done
Я не могу гарантировать, что код на самом деле работает, но это было бы основы (что будет перезаписана фактический яваскрипт файл с содержанием new.js файла).
Если вам нужно только заменить некоторые конкретные вещи из файла .js, то вам, возможно, придется использовать СЭД или AWK или других конкретных текстовых манипуляций Linux инструменты.
После этого вам понадобится другой скрипт, который будет искать местоположение файла javascript в каждом из ваших пользователей cpanel и устанавливает права доступа к этому файлу (в основном, разрешение этого файла должно быть cpaneluser: cpaneluser и 640 для chmod).