Я запускаю проект rStudio на Windows коллеги (я работаю на Mac, поэтому я не в моих водах).Ошибка 43, в то время как вязание r уценки в pdf на rStudio в Windows
Когда я попытался собрать в PDF-файл в .rmd я получаю эту ошибку:
"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS Plot_per_DPUO.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output "Grafici Professioni/Periodo apr-14 ott-15 test/DH ALLERGOLOGIA - SAN PAOLO.pdf" --template "C:\Users\lucilla.rava\Documents\R\win-library\3.1\rmarkdown\rmd\latex\default.tex" --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable "geometry:margin=1in"
pandoc.exe: Could not find image `Grafici%20Professioni\Periodo%20apr-14%20ott-15%20test\DH%20ALLERGOLOGIA%20-%20SAN%20PAOLO_files/figure-latex/set-options-1.pdf', skipping...
pandoc.exe: Error producing PDF from TeX source.
! I can't find file `C:/Users/LUCILL'.
<to be read again>
\protect
<*> C:/Users/LUCILL~
1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/input.tex
Please type another input file name
! Emergency stop.
<to be read again>
\protect
<*> C:/Users/LUCILL~
1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/input.tex
! ==> Fatal error occurred, no output PDF file produced!
Transcript written on C:/Users/LUCILL~1.RAV/AppData/Local/Temp/tex2pdf.3172/tex
put.log.
Show Traceback
Rerun with Debug
Error: pandoc document conversion failed with error 43
я оставил полные пути, потому что я заметил что-то странное в пути пользователя. Бревенчатые печатает этот фрагмент:
`C:/Users/LUCILL'.
<to be read again>
\protect
<*> C:/Users/LUCILL~
1.RAV
где имя пользователя отличается от того, как это должно быть (lucilla.rava).
На mac компиляция не дает ошибок, поэтому проблема не должна быть в коде.
Примечание: Я создал проект на своем Mac в папке, совместно используемой с помощью Google Drive.
ОБНОВЛЕНИЕ 1: Благодаря @Gnusper мы заметили, что существует ошибка разделителя пути. Пути Unix и Windows являются смешанными. Мне нужен способ удалить микширование.
В моем коде я определил пути со следующим кодом:
months.vec <- get.months(unique(Data$Periodo))
months.vec <- format(months.vec, '%b-%y')
if (type == 1) folder.name <- 'Grafici Generali'
else if (type == 2) folder.name <- 'Grafici Professioni'
else if (type == 3) folder.name <- 'Grafici Indicazioni'
folder.path <- file.path(folder.name, sprintf('Periodo %s %s%s', months.vec[1], tail(months.vec, 1), test))
dir.create(folder.path, recursive = T, showWarnings = F)
for (UO in unique(Data$UO)[1:5]) {
print(file.path(folder.path, sprintf('%s.pdf', sub(pattern = "/", replacement = ' ', UO, fixed = T))))
render('Plot per DPUO.Rmd', clean = T, output_file = file.path(folder.path, sprintf('%s.pdf', sub(pattern = "/", replacement = ' ', UO, fixed = T))))
}
Я сделал некоторые испытания с новым R проекта на машине окна с этими результатами:
> file.path('affs', '0sdfsdf')
[1] "affs/0sdfsdf"
> .Platform$file.sep
[1] "/"
>
Путь разделитель по-прежнему является Unix. Читая помощь file.path я нашел это:
file.path(..., fsep = .Platform$file.sep)
[...]
Note
The components are by default separated by/(not) on Windows.
По какой-то причине функция реализует разделитель Unix также на окнах ... я пытался затем запустить .Platform $ file.sep < - «\\ ». Но когда я использую file.path(), я все равно получаю разделитель '/'. Итак, fsep = .Platform $ file.sep в аргументах, которые он не оценивает каждый раз при запуске функции.
В новом проекте я сделал несколько тестов:
dir.create(file.path('ssdg','fgsfdg'), recursive = T, showWarnings = F)
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg/fgsfdg/test.txt')
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg\\fgsfdg\\test2.txt')
write(c(1,2,3,4,5), file = 'ssdg/fgsfdg\\test3.txt')
все они работают и создают файл. Я также попробовал dir.create() с различными комбинациями разделителей, и все они работают. Похоже, что R понимает, что делать при управлении файлами и исправлять разделители.
Но поскольку компиляция файла .rmd выполняется pandoc через команду оболочки, соединение разделителей не является фиксированным и возникает ошибка.
Я нахожу очень нечетное мысль, что в журнале ошибок, pandoc вызывается с пути Unix
C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc
Как pandoc возможность запускать и поднять ошибку ??
Подведение итогов. Мне нужен мой код для работы на обеих платформах.
ОБНОВЛЕНИЕ 2: Я попытался удалить пробелы со всех путей в моем коде. Также я попытался переместить скрипты и rmd-файл в новый проект в локальной папке, чтобы проверить проблемы, возникшие благодаря совместному проекту в GoogleDrive. Никаких улучшений.
ОБНОВЛЕНИЕ 3: Я разместил проблему как проблему на https://github.com/rstudio/rmarkdown. Я внедрил предложенное мной предложение (создав вывод сначала в той же папке, что и проект, а затем переместил его в фактическую папку назначения), но не повезло. однако теперь я уверен, что проблема заключается в создании и извлечении временных файлов.
Если я бегу TEMPDIR() на окнах возвращается:
tempdir()
[1] "C:\\Users\\LUCILL~1.RAV\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUrsOgH"
со странным сокращенным именем пользователя, который также сообщается в журнале ошибок.
Если я бегу:
Я получаю правильный путь.
UPDATE 4: Если это может быть полезно: мне нужно настроить путь для pdftext каждый раз, когда я открываю проект R.
В файле .Rprofile Заявляю:
Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "C:\\Program Files\\MiKTeX 2.9\\miktex\\bin\\x64", sep = .Platform$path.sep))
UPDATE 5: Странно, как это кажется, мы переехали на новый компьютер Windows, и вязание на этот раз работал. Не знаю, почему ... Тем не менее, если у кого-то еще есть идея, почему это будет оценено, так как другой компьютер является основным рабочим местом моего коллеги.
Как было сказано ранее, проблема не была решена. Я опубликовал проблему как проблему с github уценки. Посмотрим, смогут ли они найти решение. https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/574 – Bakaburg