Как установить последнюю версию BioPerl при использовании perlbrew?

Question

Я использую perlbrew, и я хотел бы установить последнюю версию bioperl. Должен ли я использовать cpanm или git?

Если git - я как раз устанавливаю как обычно (AKA git clone ..., тогда сделайте и постройте), или я должен сделать что-нибудь особенное?

UPDATE

В частности, я не уверен, я понимаю, следующий эксперт из BioPerl Using Git manual:

Назови Perl, где найти BioPerl (предполагая, что вы проверили код в $ HOME/SRC, установите это в .bash_profile, .profile или .cshrc):

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB" 
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB" 

Почему это необходимо?

UPDATE 2

Просто экспорт bioperl клонировали реж не влияют на все bp_***.pl скриптов (которые обычно находятся под /usr/bin/ после нормальной Build установки).

Я также пытался строить из клонированной директории после перехода к правильной версии PERL с помощью perlbrerw, но затем он работает CPAN оболочки, чтобы установить некоторую зависимость, которые не кажется, хорошо работать с perlbrew (в отличие от cpanm).

Итак, мой вопрос остается ...

Спасибо!

Answer 1

Последние BioPerl всегда будет на GitHub, так что ваш ответ ответит. Независимо от того, хотите ли вы кровотечение - это еще одна история, но после некоторого времени после списка рассылки BioPerl у меня возникает ощущение, что разработчики с большей вероятностью скажут «install from GitHub», если у вас возникли проблемы с BioPerl, тем более, что most recent version on CPAN С тех пор развивается много проблем.

Что касается установки, я не понимаю, почему вы не могли просто пойти вперед и сделать стандартный танец make/build после того, как используете свой perlbrew perl, так как это своего рода точка perlbrew. :-)

Update для обновления вопроса: аннотацию о настройке PERL5LIB там, потому что предположительно BioPerl не нужно строить, как только вы клонировали ее с помощью git; он готов к использованию прямо из коробки. Предполагая, что вы не клонировали его в каталог в @LIB, вам нужно указать Perl, где его найти. Вы должны были бы сделать это, используете ли вы perlbrew.

По существу этот процесс выглядит следующим образом:

1. Clone BioPerl из GitHub.
2. Убедитесь, что вы используете ваш perlbrew-установленный Perl.
3. Установите переменную окружения PERL5LIB в соответствии с инструкциями BioPerl.
4. Запустите perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;', чтобы убедиться, что вы используете BioPerl, который вы только что проверили.

Глядя на the sourcecode, # 4 следует распечатать 1.006900, я думаю (или, может быть, 1.6.9, я никогда не смогу сохранить номера версии в версии Perl).