Я смог подписать файл js с помощью PowerShell Set-AuthenticodeSignature. После этого я могу увидеть подпись появилась в файле в виде: // SIG // Begin signature block
// SIG // MIIKgAYJKoZIhvcNAQcCoII
На этой блестящей нити: Automate Extended Validation (EV) code signing Есть инструкции о том, как настроить клиент SafeNet Authentication, чтобы не вводить пароль используется каждый раз, когда singto