miRNA target обогащение в R

Question

Кто-нибудь знает о пакете или функции, которая принимает идентификатор транскрипта (ENSTXXXXXXXXX) miRNA и одну из мРНК и выводит, является ли этот ген мишенью для этой miRNA?

Я осмотрел пакеты Bioconductor («mirbase.db» и т. Д.), Но я не могу найти тот, который это делает.

Благодаря

Answer 1

первый раз, используя StackOverflow поэтому, пожалуйста, простите ошибки.

Я только что искал аналогичную проблему, сопоставляющую miRNA's с целями генов, и наоборот. Один из методов, я нашел с помощью targetscan.Hs.eg.db (предполагая, что человеческие данные здесь), который может быть получен через Bioconductor:

>biocLite('targetscan.Hs.eg.db')  
>library('org.Hs.eg.db') # required package 
>library('targetscan.Hs.eg.db') 
>get(get("SLC2A4", revmap(org.Hs.egSYMBOL)), targetscan.Hs.egTARGETS) 
[1] "miR-150/5127"                    
[2] "miR-199ab-5p"                    
[3] "miR-17/17-5p/20ab/20b-5p/93/106ab/427/518a-3p/519d"          
[4] "miR-93/93a/105/106a/291a-3p/294/295/302abcde/372/373/428/519a/520be/520acd-3p/1378/1420ac" 
[5] "miR-31" 

выше использует Gene_Symbol (существует множество способов преобразования транскрипт ID к символу). Это, как представляется, перечисляет цели miRNA, найденные в базе данных targetcan для выбранного гена, в данном случае SLC2A4.

В настоящее время я тестирую другой метод, используя CellBase и perl, сообщит результаты.

Надеюсь, это поможет.

Answer 2

Вы можете использовать базу данных targetHub для получения целей с использованием идентификаторов mirna или генов http://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tarhub/_design/basic/index.html!

Хотя этот способ не указывает, взаимодействует ли данная пара miRNA-ген, он обеспечивает более гибкий способ запроса вашего mirna/gene для целевой информации с использованием различных алгоритмов прогнозирования.

Проверьте следующую функцию для доступа к данным взаимодействия mir-gene с любым из методов прогнозирования, описанных в targetHub. Несмотря на отсутствие определенного пакета R, вы можете использовать простые HTTP-вызовы для доступа к базе данных targetHub.

library(RJSONIO) # function to extract mirna (mature) target genes from targetHub using any prediction algorithm 
targetHub.byMethods <- function(mir.name, method) { 
tarhub.matmirna <- 'http://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tarhub/_design/basic/_view/by_matureMIRmethod' 
method <- gsub("\\+", "%2B", method) 
data.link <- gsub("\\\"", "%22", paste(tarhub.matmirna, '?key=["', mir.name, '","', method ,'"]&include_docs=true', sep='')) 
json.data <- paste(readLines(data.link), collapse='') #get data from targetHub 
target_data <- fromJSON(json.data) #convert json formatted data to list 
target_Info <- NA 
if(is.list(target_data) & (length(target_data$rows) > 0)) { 
     target_data <- target_data$rows 
     target_Info <- matrix(nrow = length(target_data), ncol = 3) 
     colnames(target_Info) <- c("Gene_Symbol", "Gene_EntrezID", "miRNA") 
     for(i in 1:length(target_data)) { 
      target_Info[i,1] = target_data[[i]]$doc$Gene_Symbol 
      target_Info[i,2] = target_data[[i]]$doc$Gene_EntrezID 
      target_Info[i,3] = target_data[[i]]$doc$miRNA 
     }  
    } 
    target_Info 
} 

#usage 
miRandaTargets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "targetscan") 
targetscanTargets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "miranda") 
miRanda_targetscan_Targets <- targetHub.byMethods("hsa-miR-200c-3p", "miranda+targetscan") 

Чтобы настроить выход, вы можете проверить API-интерфейс targetHub в следующей ссылке. http://app1.bioinformatics.mdanderson.org/tarhub/_design/basic/api.html!