ggplot2 ожидающего квадратной матрицы, даже если матрица не является симметричным

Question

Привета Я пытаюсь построить карту тепла в ggplot2, используя матрицу с 9 строк и 10 столбцов

Я расплавить матрицу, используя «as.matrix» нотация в reshape2 и получить следующий вывод

А1 = расплава (as.matrix (а))

Var1 Var2  value 
1  1 X0.05 8.690705e-01 
2  2 X0.05 1.930320e-01 
3  3 X0.05 1.474900e-02 
4  4 X0.05 3.498176e-04 
5  5 X0.05 2.451419e-06 
6  6 X0.05 4.946808e-09 
7  7 X0.05 2.832895e-12 
8  8 X0.05 4.563140e-16 
9  9 X0.05 2.055474e-20 
10 1 X0.1 5.906241e-01 
11 2 X0.1 7.416265e-01 
12 3 X0.1 2.311771e-01 
13 4 X0.1 3.892639e-02 
14 5 X0.1 3.361408e-03 
15 6 X0.1 1.445629e-04 
16 7 X0.1 3.043528e-06 
17 8 X0.1 3.103555e-08 
18 9 X0.1 1.522292e-10 

выход правильно с каждой колонке, представленной 9 значений

Я й ан отмасштабировать по значению и получите следующий результат

A2 = ddply (A1,. (var2), преобразование, Rescale = отмасштабировать (значение))

Var1 Var2  value  rescale 
1  1 X0.05 8.690705e-01 1.000000e+00 
2  2 X0.05 1.930320e-01 2.221132e-01 
3  3 X0.05 1.474900e-02 1.697101e-02 
4  4 X0.05 3.498176e-04 4.025192e-04 
5  5 X0.05 2.451419e-06 2.820737e-06 
6  6 X0.05 4.946808e-09 5.692068e-09 
7  7 X0.05 2.832895e-12 3.259684e-12 
8  8 X0.05 4.563140e-16 5.250361e-16 
9  9 X0.05 2.055474e-20 0.000000e+00 
10 1 X0.1 5.906241e-01 7.963902e-01 
11 2 X0.1 7.416265e-01 1.000000e+00 
12 3 X0.1 2.311771e-01 3.117163e-01 
13 4 X0.1 3.892639e-02 5.248786e-02 
14 5 X0.1 3.361408e-03 4.532480e-03 
15 6 X0.1 1.445629e-04 1.949266e-04 
16 7 X0.1 3.043528e-06 4.103651e-06 
17 8 X0.1 3.103555e-08 4.164269e-08 
18 9 X0.1 1.522292e-10 0.000000e+00 

Все по-прежнему выглядит хорошо, и когда я сюжет тепла карта вывод является правильным, до сих пор так хорошо

ggplot(A2, aes(Var2, Var1)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") + scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue") 

проблема возникает, когда я добавить собственные метки, где ось у проходит от 1 до 9 (на дисплей я е количество гетерозиготных особей) и ось й проходят от 0,05 до 0,5 (отображения незначительной частоты аллели)

x = [0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50] 
y = [1 2 3 4 5 6 7 8 9] 

ggplot(A4, aes(Var2, Var1)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") + scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue") + scale_x_discrete(labels= x, expression("Minor allele frequency")) + scale_y_discrete(labels= y, expression("Number of Heterozygotes")) 

Однако на этот раз оси у всех перепуталась

It мне кажется, что ggplot автоматически принимает матрицу 10X10 и пытается добавить отсутствующие метки. Я попытался найти вариант в reshape, где я мог бы, возможно, объявить форму матрицы, однако я не смог найти решение. Кто-нибудь сталкивался с этой проблемой. Любая помощь была бы очень признательна, заранее спасибо

Answer 1

Вот один из подходов. Вы можете изменить метки меток с помощью scale_x_discrete. Что касается y, я преобразовал Var1 в коэффициент.

ggplot(mydf, aes(x = Var2, y = as.factor(Var1), fill = rescale)) + 
geom_tile(color = "white") + 
scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue") + 
scale_x_discrete(breaks=c("X0.05", "X0.1"), labels=c("0.05", "0.1")) + 
xlab("Minor allele frequency") + 
ylab("Number of Heterozygotes")