1. дома
  2. Вопрос и ответ
  3. Установка BioConductor в Linux

Установка BioConductor в Linux

2015-04-02 3 views
0

Я знаю, что это было задано несколько раз, но я не могу найти ответ из ответов здесь, на StackOverflow или на странице установки BioConductor here. Я установил и обновил R до последней версии 3.1.3, которая явно заявлена ​​для работы с BioConductor 3.0 на странице установки.Установка BioConductor в Linux

Затем я установил Bioconductor и убедился, что все было до настоящего времени, используя следующие команды:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite(ask=FALSE) 
biocLite("BiocUpgrade")

Все до этого момента работает просто отлично, но потом, когда я иду установить любого из пакетов Bioconductor с использованием , например:

biocLite(c("flowCore"))

я получить несколько ошибок, как следующее:

1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
installation of package ‘robustbase’ had non-zero exit status

Я понимаю, что эта ошибка указывает на несоответствие версии между R и пакетом, и все же это звучит так, как будто все, что от BioConductor должно работать с R версии 3.1.3.

При попытке установить пакеты, перечисленные в ошибках вручную, используя, например:

install.packages("robustbase", dependencies=TRUE)

И получите тот же тип ошибки, как описано выше со статусом выхода ненулевого.

Кто-нибудь знает лучший способ обойти это? Я предполагаю, что мне не нужно понижать до предыдущей версии R или что-то еще, но я действительно не уверен, что делать в этот момент. Благодарю.

В соответствии с просьбой в комментариях ниже, полный выход из установки пакета flowCore используя следующий код ниже:

biocLite(c("flowCore"))

Выход:

BioC_mirror: http://bioconductor.org 
Using Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.2), R version 3.1.3. 
Installing package(s) 'flowCore' 
also installing the dependencies ‘robustbase’, ‘mvtnorm’, ‘cluster’, ‘pcaPP’, ‘rrcov’ 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/robustbase_0.92-3.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 3144393 bytes (3.0 MB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 3.0 MB 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/mvtnorm_1.0-2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 155092 bytes (151 KB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 151 KB 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/cluster_2.0.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 280102 bytes (273 KB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 273 KB 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/pcaPP_1.9-60.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 191565 bytes (187 KB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 187 KB 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/rrcov_1.3-8.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 992215 bytes (968 KB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 968 KB 

trying URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/flowCore_1.32.2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 8962871 bytes (8.5 MB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 8.5 MB 

* installing *source* package ‘robustbase’ ... 
** package ‘robustbase’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c R-rng4ftn.c -o R-rng4ftn.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c eigen.f -o eigen.o 
/bin/bash: gfortran: command not found 
make: *** [eigen.o] Error 127 
ERROR: compilation failed for package ‘robustbase’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/robustbase’ 
* installing *source* package ‘mvtnorm’ ... 
** package ‘mvtnorm’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c C_FORTRAN_interface.c -o C_FORTRAN_interface.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c miwa.c -o miwa.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c mvt.f -o mvt.o 
/bin/bash: gfortran: command not found 
make: *** [mvt.o] Error 127 
ERROR: compilation failed for package ‘mvtnorm’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/mvtnorm’ 
* installing *source* package ‘cluster’ ... 
** package ‘cluster’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c clara.c -o clara.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c daisy.f -o daisy.o 
/bin/bash: gfortran: command not found 
make: *** [daisy.o] Error 127 
ERROR: compilation failed for package ‘cluster’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/cluster’ 
ERROR: dependency ‘mvtnorm’ is not available for package ‘pcaPP’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/pcaPP’ 
ERROR: dependencies ‘robustbase’, ‘mvtnorm’, ‘cluster’, ‘pcaPP’ are not available for package ‘rrcov’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/rrcov’ 
ERROR: dependency ‘rrcov’ is not available for package ‘flowCore’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/flowCore’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpB8elmi/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘robustbase’ had non-zero exit status 
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘mvtnorm’ had non-zero exit status 
3: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘cluster’ had non-zero exit status 
4: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘pcaPP’ had non-zero exit status 
5: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘rrcov’ had non-zero exit status 
6: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘flowCore’ had non-zero exit status

Так я установил gfortran и до сих пор (похоже, проблема с llapack и lblas, но я не уверен, что это такое, я не нахожу их с поиском apt-cache:

> biocLite(c("flowCore")) 
BioC_mirror: http://bioconductor.org 
Using Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.2), R version 3.1.3. 
Installing package(s) 'flowCore' 
also installing the dependencies ‘robustbase’, ‘mvtnorm’, ‘cluster’, ‘pcaPP’, ‘rrcov’ 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/robustbase_0.92-3.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 3144393 bytes (3.0 MB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 3.0 MB 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/mvtnorm_1.0-2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 155092 bytes (151 KB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 151 KB 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/cluster_2.0.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 280102 bytes (273 KB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 273 KB 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/pcaPP_1.9-60.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 191565 bytes (187 KB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 187 KB 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/rrcov_1.3-8.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 992215 bytes (968 KB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 968 KB 

trying URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/flowCore_1.32.2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 8962871 bytes (8.5 MB) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 8.5 MB 

* installing *source* package ‘robustbase’ ... 
** package ‘robustbase’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c R-rng4ftn.c -o R-rng4ftn.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c eigen.f -o eigen.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c init.c -o init.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c lmrob.c -o lmrob.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c mc.c -o mc.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c monitor.c -o monitor.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c qn_sn.c -o qn_sn.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c rf-common.f -o rf-common.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c rffastmcd.f -o rffastmcd.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c rfltsreg.f -o rfltsreg.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c rllarsbi.f -o rllarsbi.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c rob-utils.c -o rob-utils.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c rowMedians.c -o rowMedians.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c wgt_himed.c -o wgt_himed.o 
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o robustbase.so R-rng4ftn.o eigen.o init.o lmrob.o mc.o monitor.o qn_sn.o rf-common.o rffastmcd.o rfltsreg.o rllarsbi.o rob-utils.o rowMedians.o wgt_himed.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR 
/usr/bin/ld: cannot find -llapack 
/usr/bin/ld: cannot find -lblas 
collect2: error: ld returned 1 exit status 
make: *** [robustbase.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘robustbase’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/robustbase’ 
* installing *source* package ‘mvtnorm’ ... 
** package ‘mvtnorm’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c C_FORTRAN_interface.c -o C_FORTRAN_interface.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c miwa.c -o miwa.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c mvt.f -o mvt.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c mvtnorm-init.c -o mvtnorm-init.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c tvpack.f -o tvpack.o 
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o mvtnorm.so C_FORTRAN_interface.o miwa.o mvt.o mvtnorm-init.o tvpack.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR 
installing to /home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/mvtnorm/libs 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
* DONE (mvtnorm) 
* installing *source* package ‘cluster’ ... 
** package ‘cluster’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c clara.c -o clara.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c daisy.f -o daisy.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c dysta.f -o dysta.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c fanny.c -o fanny.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c init.c -o init.o 
gfortran -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -c mona.f -o mona.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c pam.c -o pam.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c sildist.c -o sildist.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c spannel.c -o spannel.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c twins.c -o twins.o 
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o cluster.so clara.o daisy.o dysta.o fanny.o init.o mona.o pam.o sildist.o spannel.o twins.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR 
installing to /home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/cluster/libs 
** R 
** data 
*** moving datasets to lazyload DB 
** inst 
** byte-compile and prepare package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
* DONE (cluster) 
* installing *source* package ‘pcaPP’ ... 
** package ‘pcaPP’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DR_PACKAGE_FILE  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c L1Median_HoCr.cpp -o L1Median_HoCr.o 
/bin/bash: g++: command not found 
make: *** [L1Median_HoCr.o] Error 127 
ERROR: compilation failed for package ‘pcaPP’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/pcaPP’ 
ERROR: dependencies ‘robustbase’, ‘pcaPP’ are not available for package ‘rrcov’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/rrcov’ 
ERROR: dependency ‘rrcov’ is not available for package ‘flowCore’ 
* removing ‘/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/flowCore’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpB8elmi/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘robustbase’ had non-zero exit status 
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘pcaPP’ had non-zero exit status 
3: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘rrcov’ had non-zero exit status 
4: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘flowCore’ had non-zero exit status

источник

2015-04-02 The Nightman

+0

'robustbase' не является пакетом Bioc. Вы сначала выполнили 'update.packages (checkBuilt = TRUE)' после обновления R. –

+0

Правда, это не пакет Bioc. И да, я также обновил все пакеты. –

+0

Попробуйте найти зависимости для каждого пакета cran, загрузите исходный код «.tar.gz» и установите его один за другим с помощью установки.пакеты ("pkg-name", repos = NULL, type = "source"). Когда вы это сделаете, задокументируйте шаги в сценарии R и сохраните эти исходные коды где-то в будущем. – Sathish

ответ

0

В соответствии с Ubuntu forums (вы не говорите, какой Linux-вкус вы используете, но поскольку вы упомянули apt-cache, я предполагаю, что это актуально, хотя ответ несколько лет) требуемые пакеты для установки LAPACK и BLAS являются

libblas3gf 
libblas-doc 
libblas-dev 

liblapack3gf 
liblapack-doc 
liblapack-dev

Однако, я был под впечатлением, что R поставляется с его собственной версии этих библиотек, так это может быть просто вопрос настройки вашего LD_LIBRARY_PATH правильно.

Также обратите внимание, что вам, кажется, не хватает g ++.

источник

2015-07-04 11:19:17

 Смежные вопросы

  • Нет связанных вопросов^_^