Добавление сайтов в DCA в R

Question

Я создал анализ корреспонденции с задержкой (DCA), отображающий вид, используя сценарий ниже, но я хочу добавить к нему сайты. Я знаю, что могу сделать это с помощью простого сценария: plot(vare.dca), но не знаю, как это сделать, как только я улучшу графику. Я новичок в R, поэтому извиняюсь, если это очень простой вопрос. Большое спасибо за любую помощь!

bugs<-read.csv(file= "bugs.csv", row.names='Sites', sep=",", header=TRUE) 
env<-read.csv(file= "envir.csv", row.names='Sites', sep=",", header=TRUE) 
library(vegan) 

shnam <- make.cepnames(names(bugs)) # abbreviate Latin names 
identify(pl, "sp", labels=shnam) 
plot(vare.dca, dis="sp", type="n") 
sel <- orditorp (vare.dca, dis="species", lab=shnam, pcol = "grey", pch="+") 

Данные для «ошибки» и «окр» здесь: https://gist.github.com/anonymous/dcf0fad859eb879014b2

Answer 1

Общий способ заключается в использовании points() методы, как и в

points(vare.dca, display = "sites", col = "red") 

или использовать text() метод, если вам нужны метки сайта/образца.

orditorp() также можно использовать, просто измените аргумент на display = "sites", который вы могли бы установить, прочитав ?orditorp.

Существует ряд других опций, в первую очередь ordipointlabel(), которые будут работать больше, чтобы остановить перекрытие различных этикеток.

Я написал несколько сообщений в блоге на этих функций в веганский, которые вы можете прослушать для более подробного объяснения и примеры

1. Decluttering ordination plots in vegan part 1: ordilabel()
2. Decluttering ordination plots in vegan part 2: orditorp()
3. Decluttering ordination plots part 3: ordipointlabel()