Кто-нибудь имеет опыт использования пакета bioconductor: Gviz умеет добавлять AnnotationTrack прямо на DataTrack?Аннотация Трек в Гвизе
Например, в ggplot2 я могу добавить к prexitsting сюжета с помощью + geom_text, но я не смог найти аналогичную функцию для Gviz
Спасибо!
Хотя это не совсем то, что вы хотите, одним из возможных решений является добавление HighlightTrack, который охватывает интересующий вас регион. Хотя это не будет специально маркировать/добавлять ключевые элементы на ваш DataTrack, это поможет выделить выравнивание между различными DataTracks.
Пример:
library(Gviz)
library(GenomicRanges)
data(geneModels)
data(cpgIslands)
gen <- genome(cpgIslands)
chr <- 1
start <- 120005434
end <- 129695434
itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()
grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome = gen, chromosome = chr, name = "foo")
htrack <- HighlightTrack(trackList = list(gtrack, grtrack), start = 121535434, end = 124535434, chromosome = chr)
plotTracks(list(itrack, htrack), from = start, to = end)
Графический вывод
Хотя grtrack пуст, это демонстрирует, как HighlightTrack будет охватывать указанный DataTracks (в данном случае, grtrack и gtrack).
Дополнительную информацию можно получить по адресу GViz documentation.
Вы прочитали виньетку, например, «виньетка» («Gviz») »или в http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Gviz.html, особенно раздел 2, для быстрого обзора? Я думаю, вы хотите использовать 'plotTracks()', предоставляя список треков в качестве первого аргумента. –
Да! Я расчесывал документацию ... 'plotTracks()' будет отображать как «AnnotationTrack», так и «DataTrack» в одном и том же файле/pdf, но один за другим я надеялся использовать функцию «Аннотации», чтобы добавить несколько ключевых элементов конкретной хромосомной области непосредственно над данными в DataTrack (например, когда центромер падает по отношению к шаблону, наблюдаемому в данных и т. д.) – mfk534
И я понимаю, что центромер можно наблюдать в «IdeogramTrack» 'но опять же, меня интересует возможность наложения двух дорожек, чтобы сделать конкретную связь более визуально очевидной. – mfk534