Question

Я хочу напечатать последовательность Ribose Puckering.

сценария в Perl:

open (filehandler, "List_NAD_ID.txt") or die $!; #Input file 
    my @file1=<filehandler>; 

    my $OutputDir = 'C:\Users\result'; #output directory path 

    foreach my $line (@file1) 
    { 
     chomp $line; 
     open (fh,"$line") or die $!; 
     open (out, ">$OutputDir/$line.pdb") or die $!;   
     print out "\n" , "$line "; 
     print out "\n"; 

     while($file = <fh>) 
     { 


      if($file =~/^HETATM.{7}(?:C4B|O4B|C1B|C2B|O4B|C1B|C2B|C3B|C1B|C2B|C3B|C4B|C2B|C3B|C4B|O4B|C3B|C4B|O4B|C1B)/) 
      { 

       print out "$file"; 
      } 
     } 
     print "Completed", "\n"; 
    } 

У меня есть PDB входной файл:

HETATM 3934 C4B NAD A 255  10.495 -11.444 1.016 1.00 50.46   C 
HETATM 3935 O4B NAD A 255  10.768 -11.615 2.448 1.00 48.17   O 
HETATM 3936 C3B NAD A 255  10.445 -12.867 0.431 1.00 49.69   C 
HETATM 3938 C2B NAD A 255  10.431 -13.759 1.675 1.00 48.46   C 
HETATM 3940 C1B NAD A 255  11.323 -12.898 2.593 1.00 46.97   C 
HETATM 3978 C4B NAD B 256  14.596 1.733 33.219 1.00 50.48   C 
HETATM 3979 O4B NAD B 256  14.370 0.578 32.357 1.00 48.22   O 
HETATM 3980 C3B NAD B 256  14.940 1.177 34.603 1.00 49.64   C 
HETATM 3982 C2B NAD B 256  14.987 -0.347 34.401 1.00 48.48   C 
HETATM 3984 C1B NAD B 256  14.066 -0.517 33.189 1.00 46.98   C 

Ожидаемый результат:

Я хочу, чтобы скопировать следующий атом, а затем вставьте согласно следующей последовательности. Все должно быть целым. (Сеть "А, В, С, ..........")

HETATM 3934 **C4B** NAD **A** 255  10.495 -11.444 1.016 1.00 50.46   C 
HETATM 3935 **O4B** NAD **A** 255  10.768 -11.615 2.448 1.00 48.17   O 
HETATM 3938 **C2B** NAD **A** 255  10.431 -13.759 1.675 1.00 48.46   C 
HETATM 3940 **C1B** NAD **A** 255  11.323 -12.898 2.593 1.00 46.97   C  
HETATM 3935 **O4B** NAD **A** 255  10.768 -11.615 2.448 1.00 48.17   O 
HETATM 3940 **C1B** NAD **A** 255  11.323 -12.898 2.593 1.00 46.97   C 
HETATM 3938 **C2B** NAD **A** 255  10.431 -13.759 1.675 1.00 48.46   C 
HETATM 3936 **C3B** NAD **A** 255  10.445 -12.867 0.431 1.00 49.69   C 
. 
. 
. 

У меня пять уровня последовательности пасты, v0, v1, v2, v3, v4.

Последовательность:

C4B-O4B-C1B-C2B 
O4B-C1B-C2B-C3B 
C1B-C2B-C3B-C4B 
C2B-C3B-C4B-O4B 
C3B-C4B-O4B-C1B 

Это все последовательности, я хочу, чтобы распечатать данные в соответствии с приведенной выше последовательности. Я также отредактировал ожидаемый результат.

Я хочу сортировать данные в соответствии с вышеприведенной последовательностью, chain wise. Я не ожидаю результата. Я пробовал в perl. Я новичок в Perl и Python ... так что, пожалуйста, попытайтесь решить мою проблему

Его, как матричная задача:

, например, у нас есть пять значений: 1,2,3,4,5

Row 1 - 1 2 3 4 
Row 2 - 2 3 4 5 
Row 3 - 3 4 5 1 
Row 4 - 4 5 1 2 

Я хочу напечатать данные, подобные этим для каждой цепочки. Цепь от A до Z.

Answer 1

Если вы хотите использовать Biopython, вам нужно создать все Chains и вставить в него Atoms. Но атомы должны держать в Residue для этого работать:

from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO, Chain, Residue 

# This is your source structure 
pdb = PDBParser().get_structure("UGLY", "ugly.pdb") 

# Now you cycle all your chains 
for chain in pdb.get_chains(): 
    # Load all the atoms and residues in each Chain 
    atoms = list(chain.get_atoms()) 
    residues = list(chain.get_residues()) 

    # Start a new structure to save the output 
    io = PDBIO() 
    this_chain = Chain.Chain("A") 
    this_residue = Residue.Residue(residues[0].id, 
            residues[0].resname, 
            residues[0].segid) 

    # Now get the atoms in your source structure that matches your sort keys 
    # You should refactor this out to a function that accepts a sort key 
    # and returns a list of atoms or a residue with the atoms added. 
    for atom_name in "O4B-C1B-C2B-C3B".split("-"): 
     for atom in atoms: 
      if atom.get_name() == atom_name: 
       this_residue.add(atom) 

    # Add the residue to a structure and save it 
    this_chain.add(this_residue) 
    io.set_structure(this_chain) 
    # And now write your output file. Remember to change the name! 
    io.save("temp.pdb")