biopython

1зной

2ответ

BioPython: аминокислотная последовательность содержит «J» и не может рассчитать молекулярный вес

Данные, с которыми я работаю, поступают в файл Excel, который имеет аминокислотную последовательность в индексе 1. Я пытаюсь рассчитать разные атрибуты на основе последовательности с использованием Bi

python bioinformatics xlrd biopython 2017-02-10

---

0зной

1ответ

Как выпустить программу Fortran в python для нескольких входных данных

У меня есть программа Fortran и вы хотите выполнить ее в python для нескольких файлов. У меня 2000 файлов ввода, но в моем коде Fortran я могу запускать только один файл за раз. Как я могу назвать про

python python-2.7 python-3.x bioinformatics biopython 2017-02-16

---

4зной

2ответ

«NotImplementedError: SeqRecord» при использовании отсортированного по файлу fasta, обрабатываемого с помощью SeqIO

Я пытаюсь сортировать файл fasta по алфавиту порядка последовательностей в файле (а не идентификатор последовательностей). Файл fasta содержит более 200 последовательностей, и я пытаюсь найти дубликат

python bioinformatics biopython fasta 2017-02-21

---

3зной

1ответ

совпадение счетная матрица biopython

У меня есть файл FASTA с последовательностями ДНК и именами последовательностей, и мне нужно создать матрицу совпадений. Я нашел модуль pairwise2 в Biopython, который, кажется, делает это довольно хор

python string-comparison overlap biopython 2017-01-10

---

3зной

1ответ

Оценка Alphabet в Biopython из файла fasta

Я ищу способ прочитать файл .fasta в Biopython и получить оценку пакета, если мы имеем дело с ДНК, РНК или белками. До сих пор я прочитал такие данные: with open('file.fasta', 'r') as f: for seq

python bioinformatics biopython fasta 2017-01-11

---

1зной

1ответ

печати количество обработанных файлов в Python

Я хочу напечатать аргумент о количестве файлов, обработанных с помощью следующего кода: import sys import re import os import fileinput from Bio import SeqIO from Bio.Alphabet import IUPAC direc

python biopython 2017-01-15

---