У меня есть список SNP, что я уже получил их прокси-SNP с MAF и LD из 1000 пилотов геномов 1. Я хочу знать, когда все упоминают о сопоставлении MAF, нужно ли быть точно таким же?Незначительное совпадение частоты аллелей?
Например, SNP-запрос имеет значение MAF 0.35, если proxy SNP имеет MAF 0.37, может ли он использоваться как хороший прокси-сервер? Учитывая ЛД двух из них> 0,8
Нужно ли вообще выбирать прокси-сервер с MAF равным 0,35?
LD, измеренный R-sq, зависит от MAF, то есть высокое R-квадрат подразумевает, что MAF подобны. См:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18572214
Таким образом, очень высокий R-квадрат обычно означает MAF между ОНП похожи.
Кроме того, выбор прокси-SNP обычно зависит только от меры LD. Как упоминалось, MAF «включается» в расчет, поэтому сопоставление для него не требуется. Если у вас есть несколько прокси с одинаковым LD, выберите один из них с большинством подобных MAF.
Спасибо! Я закончил сопоставлять свои SNP с использованием оценки LD, а не MAF, поэтому моя проблема решена, но большое спасибо за помощь! – dizue
Я думаю, что ваш вопрос будет лучше на http://biology.stackexchange.com/ – ProgrammersBlock