eZ Publish не предоставляет такую возможность, когда требуется установить расширение (и это не так, чтобы сказать, что вам нужно что-то менять в базе данных, требуется только регенерация автозагрузки).
Что касается вашей проблемы, единственное, что вы можете сделать, это добавить файл .dba в расширение, чтобы он был проверен при использовании проверки/обновления системы в вашем интерфейсе администратора. Файл может быть сгенерирован с использованием сценария ezsqldumpschema.php в bin/php (вы заметите, что некоторые вещи отсутствуют, например, charset, ...)
Если ваше расширение предоставляет интерфейс администратора, не стесняйтесь для добавления функции pre_check в начале каждого сценария представления. Это должно проверять существование таблицы против файла dba и при необходимости создавать ее (или запрашивать у пользователя).