Объединить файлы в команду Linux

Question

Я только начал учиться использовать командную строку. Надеюсь, это не вопрос свалить.

У меня есть следующие файлы в моем каталоге:

L001_R1_001.fastq 
L002_R2_001.fastq 
L004_R1_001.fastq 
L005_R2_001.fastq 
L001_R2_001.fastq 
L003_R1_001.fastq 
L004_R2_001.fastq 
L006_R1_001.fastq 
L002_R1_001.fastq 
L003_R2_001.fastq 
L005_R1_001.fastq 
L006_R2_001.fastq 

Вы можете увидеть в именах файлов, это смесь из R1 и R2, а цифры после L00 не сортируются.

Я хочу объединить файлы в порядке их имени, отдельно для файлов R1 и R2.

Если я сделать это вручную, она будет выглядеть следующим образом:

# for R1 files 
cat L001_R1_001.fastq L002_R1_001.fastq L003_R1_001.fastq L004_R1_001.fastq L005_R1_001.fastq L006_R1_001.fastq > R1.fastq 


# for R2 files 
cat L001_R2_001.fastq L002_R2_001.fastq L003_R2_001.fastq L004_R2_001.fastq L005_R2_001.fastq L006_R2_001.fastq > R2.fastq 

Не могли бы вы помочь мне написать сценарий, который я могу повторно использовать позже? Спасибо!

Answer 1

cat `ls -- *_R1_*.fastq | sort` >R1.fastq 
cat `ls -- *_R2_*.fastq | sort` >R2.fastq 

| sort не требуется в большинстве систем, потому что ls сортирует файлы по имени.

Если имена файлов содержат пробелы, то сделать это первым:

IFS=' 
' 

Answer 2

Попробуйте использовать символ подстановки *. Он автоматически расширит имена файлов в алфавитном порядке.

cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq 
cat L*_R2_001.fastq > R2.fastq 

EDIT:

Если вышеприведенная команда не даст желаемую сортировки, попробуйте переопределить настройки локали с использованием LC_ALL=C в мотивационном по Fredrik Pihl

LC_ALL=C cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq