fastq

1зной

1ответ

Выбор случайного чтения из пары считываний в файле fastq

У меня есть вопрос о случайном выборе чтения из выборочных файлов fastq с парным концом. Я прочитал несколько тем по этому поводу, но никто не смог решить мою проблему: Я получил два файла fastq R1.fa

bash bioinformatics fastq 2016-06-02

---

0зной

1ответ

Python зависает после завершения скрипта

Я столкнулся с странным поведением Python, которого я никогда раньше не видел. Я бег следующего кода: from __future__ import print_function, division import itertools import sys R1_file = sys.argv

python itertools fastq bigdata 2016-04-23

---

0зной

1ответ

Почему FastQC не работает после использования Trim в изобилии?

У меня есть файл FASTQ, и я могу запустить программу FASTQC для анализа файла. но когда я использую trim_galore, FASTQC (или опция FASTQC в trim_galore) больше не работает. $ fastqc ./sub1_val_1.fq.gz

unix bioinformatics fasta fastq 2016-08-01

---

1зной

2ответ

Поисковый блок Regex с размером, равным предыдущему блоку

Я хочу проанализировать файл FASTQ с блоком регулярных выражений блоком. FASTQ файл выглядит следующим образом: @EAS54_6_R1_2_1_413_324 // seqname CCCTTCTTGTCTTCAGCGTTTCTCC // seq + // seqnam

regex fastq 2016-05-11

---