Замена шаблона из заголовков файлов Fastq с помощью sed cammand

У меня есть файл fastq, и мне нужно отредактировать его заголовок по мере необходимости троицей. Мои заголовки таковы:Замена шаблона из заголовков файлов Fastq с помощью sed cammand

@ SRR1561197. 0,1 HWI-ST1379: 100: C29NPACXX: 7: 1101: 2115: 2122 длина = 102
@ SRR1561197. 0,1 HWI-ST1379: 100: C29NPACXX: 7: 1101: 2202: 2120 длина = 102
@ SRR1561197. 0,1 HWI-ST1379: 100: C29NPACXX: 7: 1101: 2319: 2125 длина = 102
@ SRR1561197. 0,1 HWI-ST1379: 100: C29NPACXX: 7: одна тысяча сто один: 2510: 2121 длина = 102

В приведенных выше заголовках Жирный текст продолжает изменяться с каждым заголовком другой текст остается таким же , Теперь я хочу, чтобы все заголовок будет заменить одним махом с рисунком, который приводит следующие заголовки:

@MexD1SRR1561197.1/1 
@MexD1SRR1561197.2/1 
@MexD1SRR1561197.3/1 
@MexD1SRR1561197.4/1

я использовал следующие команды, но оно не изменилось ничего:

sed 's/ HWI.*/\/1/g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq 

sed 's/ HWI.+/\/1/g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq

Пожалуйста, помогите кто-нибудь ?

источник

2015-03-11 Safina A.R

Я подозреваю, что это то, что вы хотите:

sed 's|^@|@MexD1|; s| HWI.*|/1|g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq

Обратите внимание, что HWT было изменено на HWI.

источник

2015-03-11 05:55:09 John1024

я пытался сделать мой заголовок выглядеть следующим образом: @ SRR1561197.1/1 @ SRR1561197.2/1 @ SRR1561197.3/1 @ SRR1561197.4/1 –

@ SafinaA.R Можете ли вы, используя полную мощь форматирования stackoverflow, пересмотреть свой вопрос, как выглядит заголовок входного файла? Как и в настоящее время отформатировано, для меня непонятно (а), сколько строк заголовка находится в каждом файле и (б) где разрыв строки. – John1024

У меня есть файл Fastq, содержащий 22680 последовательностей. заголовки выглядят так, как упоминалось в вопросе .. –

Замена шаблона из заголовков файлов Fastq с помощью sed cammand

ответ

Смежные вопросы