отрицательное значение с IRanges

Question

Я использую библиотеку Gviz от Bioconductor. Я пытаюсь построить идеограммы, которые технически графовали слева направо, но наши данные имеют некоторую отрицательную ширину, указывающую, что сюжет должен быть справа налево. Как я могу ввести отрицательные значения для ширины с помощью IRanges?

Вот кусок кода, мы работаем с:

library(Gviz) 
library(IRanges) 
gen <- "mm9" 
chr <- "chr1" 

itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr) 
gtrack <- GenomeAxisTrack() 

dat <- read.delim("C:/R/mydata.TXT", header = FALSE, sep ="\t") 
s <- dat[[2]] 
e <- dat[[3]] 
l <- dat[[4]] 

annot1 = IRanges(start = s, width = l) 
Error.Call2("solve_user_SEW0", start, end, width, PACKAGE = "IRanges") : 
solving row 1: negative widths are not allowed 

# Those logical following commands work well if no negative integer is passed to IRanges 
atrack <- AnnotationTrack (annot1, chromosome = chr, genome = gen, name = "foo") 
plotTracks (list(itrack, gtrack, atrack)) 

Спасибо :))))

Answer 1

Как говорится в сообщении об ошибке, IRanges не может иметь отрицательную ширину - чем «Старт» всегда остается самым большим. Возможно, используя объект GRanges с strand="-"?