glmmPQL падает на включение объекта corSpatial

Question

Link to data (1170 набл, 9 переменных, .Rd файл)

Просто прочитать его в readRDS(file).

Я пытаюсь установить GLMM с помощью функции glmmPQL из пакета MASS, включающего в себя часть случайных эффектов и учет пространственной автокорреляции. Однако R (версия: 3.3.1) вылетает после выполнения.

library(nlme) 

# setup model formula 
fo <- hail ~ prec_nov_apr + t_min_nov_apr + srad_nov_apr + age 

# setup corSpatial object 
correl = corSpatial(value = c(10000, 0.1), form = ~ry + rx, nugget = TRUE, 
        fixed = FALSE, type = "exponential") 
correl = Initialize(correl, data = d) 

# fit model 
fit5 <- glmmPQL(fo, random = ~1 | date, data = d, 
       correl = correl, family = binomial) 

То, что я пытался до сих пор:

• сократить число наблюдений
• игра с corSpatial параметрами (диапазон и самородков)
• уменьшить число фиксированных предсказателей
• выполнить код на Windows, , Linux (Debian) и Mac R

Пока я не получаю сообщение об ошибке на моем локальном компьютере (RStudio просто падает), запустив скрипт на сервере возвращает следующее сообщение об ошибке:

R: malloc.c:3540: _int_malloc: Assertion (fwd->size & 0x4) == 0' failed. Aborted

Answer 1

Я бы использовать INLA пакет для моделирования этого, поскольку он позволяет использовать пространственно-коррелированные случайные эффекты. Необходимый код слишком длинный для размещения здесь. Поэтому я разместил его в документе по адресу http://rpubs.com/INBOstats/spde