Как узнать функцию (x) и, следовательно, координаты функции, которые генерируют график дисперсии (BCV) из пакета edgeR?Поиск координат из графика BCV в edgeR
Мне нужно знать «координаты» вершин (максимальное и минимальное значение для каждой вершины) дисперсии «тренд» и где «линия тренда (синий)» пересекает общую линию дисперсии (красная линия)
для удобства я сделал пример:
data <- "chr start end depth depth1 depth2 depth3 depth4 depth5 depth6
chr1 3273 3273 7 200 35 1 200 850 0
chr1 3274 3274 3 50 25 5 300 1500 2
chr1 3275 3275 8 600 15 8 100 300 5
chr1 3276 3276 4 30 2 10 59 20 0
chr1 3277 3277 25 20 7 4 600 45 0"
data <- read.table(text=data, header=T)
datamatrix <- data [, c(4:10)]
library (edgeR)
#grouping factor
group <- c(1, 2, 2, 2, 2, 2, 2) #groups of each sample)
#create a DGEList
y <- DGEList(counts=datamatrix,group=group)
Согласно пакету кромкообрезного, я могу оценить дисперсию моего набора данных с помощью:
y <- estimateDisp(y)
y$common.dispersion
Квадратный корень общей дисперсии дает коэффициент биологической вариации. И оценки дисперсии можно рассматривать в BCV участке:
plotBCV(y)