среднецентрифугирование нормированных зондов RMA с R bioconductor

Question

У меня есть несколько наборов данных микрочипов от пациентов с лейкемией и лимфомой, которые я нормализовал с помощью rma eset <- rma (Data). Я хочу получить средний уровень для зонда, какой пакет я могу использовать для этого? кто-нибудь порекомендовал бы полезный и надежный сценарий для применения в моих наборах данных? , например:

Data <- ReadAffy (....) #read raw CEL files 
eset <- rma (Data)  #rma normalization 
expr_mat <- exprs(eset) #get expression 

Это даст мне таблицу с СМД нормированных зондов для моих образцов. Какой код можно добавить здесь, чтобы получить среднее значение уровня сигнала в лог-2? Спасибо!

Answer 1

NB Данные rma уже оценены log2. Ниже будет означать центр зондом/грести фиктивный пример данных:

> m=1:40 
> dim(m)=c(10,4) 
> m 
     [,1] [,2] [,3] [,4] 
[1,] 1 11 21 31 
[2,] 2 12 22 32 
[3,] 3 13 23 33 
[4,] 4 14 24 34 
[5,] 5 15 25 35 
[6,] 6 16 26 36 
[7,] 7 17 27 37 
[8,] 8 18 28 38 
[9,] 9 19 29 39 
[10,] 10 20 30 40 

затем магии переработки, масштаб по строкам

> m-rowMeans(m) 

     [,1] [,2] [,3] [,4] 
[1,] -15 -5 5 15 
[2,] -15 -5 5 15 
[3,] -15 -5 5 15 
[4,] -15 -5 5 15 
[5,] -15 -5 5 15 
[6,] -15 -5 5 15 
[7,] -15 -5 5 15 
[8,] -15 -5 5 15 
[9,] -15 -5 5 15 
[10,] -15 -5 5 15