2016-08-08 4 views
2

Я пытаюсь установить Biopython, но получаю эту ошибку:установка Biopython на MacOSX El Capitan, НКУ ошибка -Qunused-аргументы

> gdr$ python setup.py build running build running build_py running 
> build_ext building 'Bio.cpairwise2' extension gcc -DNDEBUG -g -fwrapv 
> -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -Qunused-arguments -Qunused-arguments -I/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.7.2.3327.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7 
> -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-x86_64-2.7/Bio/cpairwise2module.o gcc: error: 
> unrecognized command line option ‘-Qunused-arguments’ gcc: error: 
> unrecognized command line option ‘-Qunused-arguments’ error: command 
> 'gcc' failed with exit status 1 

Я бегу MacOSX El Capitan 10.11.3, с GCC версии 4.9 .2 20141029 (предварительная публикация). Кажется, никто не сообщал об этой проблеме ни здесь, ни в stackoverflow, ни в google (сделал быстрый поиск).

(обновление) РЕШЕНИЕ:

Я решил редактирования os_clang_fix() в установочном файле setup.py, комментируя:

# for flag in ["CFLAGS", "CPPFLAGS"]: 
#  if flag not in os.environ: 
#   os.environ[flag] = "-Qunused-arguments" 
#  elif "-Qunused-arguments" not in os.environ[flag]: 
#   os.environ[flag] += " -Qunused-arguments" 

ответ

1

Это clang конкретный вариант, и, насколько я знаю, это недоступен в gcc.

От clang: страница руководства

-Qunused-arguments 
     Don't emit warning for unused driver arguments. 

Вы [по крайней мере] два варианта решения этой:

  • Удалить любые вхождений Qunused-arguments вокруг проекта создания файлов (я не рекомендую вот этот).
  • Установите clang (просто запустите clang на терминале и следуйте инструкциям по установке).

Также [личное мнение вперед], если вам не нужно gcc для какой-либо конкретной причины, удалите его, и держать clang на вашем OSX, как это, кажется, пожелание от Apple :).

+1

Хороший совет: он достал меня на правильном пути. Спасибо, пах :). – grd