Извлечение файла bz2 в R

Question

У меня есть группа из .csv.bz2 файлов, которые мне нужно скачать, извлечь и прочитать в R. Я загрузил файл и хочу извлечь его в текущий рабочий каталог, а затем прочитал его. unz(filename,filename.csv), но он не работает. Как я могу это сделать?

Я слышал где-то, что bzfiles можно читать напрямую без распаковки. Как я могу это сделать?

Answer 1

Вы можете использовать любой из эти две команды:

1. read.csv() команда: с помощью этой команды вы можете напрямую предоставить сжатое имя файла, содержащее файл csv.

   read.csv("file.csv.bz2")

2. read.table() Команда: Эта команда является общей версией read.csv() команды. Вы можете установить параметры разделителей и другие параметры, которые автоматически устанавливает read.csv(). Вам не нужно распаковывать файл отдельно. Эта команда делает это автоматически для вас.

   read.csv("file.csv.bz2", header = TRUE, sep = ",", quote = "\"",...)

Answer 2

В соответствии с описанием read.table, можно непосредственно ознакомиться с a compressed file.

read.table("file.csv.bz2") 

Answer 3

Как это:

readcsvbz2file <- read.csv(bzfile("file.csv.bz2")) 

Answer 4

На Linux системы вы можете использовать супер быстрой fread

require(data.table) 
fread(sprintf("bzcat %s | tr -d '\\000'", "file.csv.bz2")) 

Артикул: https://gist.github.com/wush978/93c0f96b68f529678e2d

Answer 5

В принципе, вам нужно набрать:

library(R.utils) 
bunzip2("dataset.csv.bz2", "dataset.csv", remove = FALSE, skip = TRUE) 

dataset <- read.csv("dataset.csv") 

Смотрите документацию здесь: bunzip2 {R.utils}.