выберите столбцы из phenoData of ExpressionSet в R

Question

Я хочу выбрать столбцы из phenoData of ExpressionSet в R. Мои данные для процессов - teset.

class(teset) 
[1] "ExpressionSet" 
attr(,"package") 
[1] "Biobase" 

teset 
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment) 
assayData: 19420 features, 253 samples 
element names: exprs 
    protocolData: none 
phenoData 
    sampleNames: TCGA-CV-7091-01A-11D-2012-08 TCGA-CJ-4875-01A-01D-1373-10 ... 
    TCGA-25-1626-01A-01W-0615-10 (253 total) 
    varLabels: time status ... Tumor_grade (7 total) 
    varMetadata: labelDescription 
featureData 
    featureNames: 1060P11.3 A1BG ... ZZZ3 (19420 total) 
    fvarLabels: EntrezID Symbol Desc Synonyms 
    fvarMetadata: labelDescription 
experimentData: use 'experimentData(object)' 
Annotation: 

ковариаты информации teset:

names(pData(teset)) 
[1] "time"   "status"   "Age"    "Gender"   
[5] "TCGA_tumor_type" "Tumor_stage"  "Tumor_grade" 

Я только хотим teset данных без первых двух столбцов в PDATA, а именно все exprs данные с PDATA (teset) [- с (1,2)]. Как я могу это сделать? Спасибо за помощь!!!

Answer 1

Я сам нахожу решение, создавая новый. Я надеюсь, что может быть лучше один:

тэ = ExpressionSet (assayData = exprs (teset), phenoData = phenoData (teset) [- с (1,2)])