RODBC потеряет соединение после запуска randomForestSRC

Question

Открываю соединение с Vertica через RODBC, затем запускаю функцию rfsrc из пакета randomForestSRC, после чего соединение теряется. Даже проводная вещь заключается в том, что при запуске функции rfsrc для некоторого набора данных соединение поддерживалось, а для некоторых других соединение терялось.

Вот код: (я использую последнюю версию пакета randomForestSRC и RODBC)

library(parallel) 
library(randomForestSRC) 
library(RODBC) 

data(veteran, package = "randomForestSRC") 
data(breast, package = "randomForestSRC") 
data(pbc, package = "randomForestSRC") 
data(wihs, package = "randomForestSRC") 
data(follic, package = "randomForestSRC") 

db_str <- "**********************" 
bi_con <- odbcDriverConnect(db_str, believeNRows=FALSE,rows_at_time=100000) 
sql <- "insert into testing123 values('abcd');" 
result <- sqlQuery(bi_con, sql) 
print(result) 
cat("\r\n") 

#obj1 <- rfsrc(status ~ ., data = breast, nsplit=10) # lose connection 
#obj2 <- rfsrc(Surv(time, status)~., data = veteran, nsplit = 10, ntree = 100) # works 
#obj3 <- rfsrc(Surv(days,status) ~ ., pbc, nsplit = 10) # works 
#obj4 <- rfsrc(Surv(time, status) ~ ., wihs, nsplit = 3, ntree = 100) # works 
#obj5 <- rfsrc(Ozone ~ ., data = airquality) # works 
obj6 <- rfsrc(Species ~., data = iris) # lose connection 
#obj7 <- rfsrc(Surv(time, status) ~ ., follic, nsplit = 3, ntree = 100) # lose connection 

sql <- "insert into testing123 values('abcde')" 
result <- sqlQuery(bi_con, sql) 
print(result) 
odbcClose(bi_con) 

На данный момент, я думаю, это потому, что сбор мусора из R удалить и закрыть соединение с базой данных. Может ли кто-нибудь помочь в этом? Благодарю.

Вот сообщение об ошибке:

[1] "HY000 10 [Vertica][VerticaDSII] (10) An error occurred during query preparation: no connection to the server\n" 
[2] "[RODBC] ERROR: Could not SQLExecDirect 'insert into testing123 values('abcde')'"       

Вот минимальная версия скрипта, который я бегу на своей машине:

library(randomForestSRC) 
library(RODBC) 

db_str <- "********************************" 
bi_con <- odbcDriverConnect(db_str, believeNRows=FALSE,rows_at_time=1) 
sql <- "insert into testing123 values('abcd');" 

result <- sqlQuery(bi_con, sql) 
print(result) 
cat("\r\n") 

obj <- rfsrc(Species ~., data = iris) # lose connection 

sql <- "insert into testing123 values('abcdef')" 
result <- sqlQuery(bi_con, sql) 
print(result) # this line will produce the error message above 

После наблюдения набора данных, disfference между соединительными и неразрывными наборами данных состоит в том, что весь набор данных, который разрушает соединение rodbc, содержит нечетный столбец (колонку строк) и весь набор данных, которые поддерживают стержень Соединение bc содержит только числовой столбец.

Finaly Я использую RJDBC и он хорошо работает с randomForestSRC пакетом

Answer 1

В моем понимании нет никаких причин, почему сбор мусора R будет предназначаться подключением к БД, если вы обзорная представлены не является указывая на то, что вы на самом деле работаете. Это может быть некоторый нюансный аспект вызовов rfsrc, которые влияют на среду, но я не знаком с этим пакетом. Для меня лично невозможно воспроизвести вашу проблему лично.

Есть две возможности с моей точки зрения. Выполните вызовы rfsrc из уравнения и определите соединение с базой данных после них. Если это невозможно, вы можете сделать следующее как взломать. Вы поместите этот вызов функции после всех вызовов rfsrc.

connectionTest<-function(dbConn){ 
    newDbConn<-dbConn 
    tryCatch(
     result<-odbcGetInfo(dbConn), 

     #redefine the db connection if it isn't active 
     error=function(e){newDbConn<-bi_con <- odbcDriverConnect(db_str, believeNRows=FALSE,rows_at_time=100000)} 
    ) 
    newDbConn 
} 

Тогда вы могли бы назвать

bi_con<-connectionTest(bi_con) 

до вашего второго запроса.

Как я уже сказал, чистый хак, но я не могу воспроизвести вашу проблему и не знаю достаточно о пакете randomForestSRC дать лучший ответ (если есть один)