Установка Biopython: ImportError: нет модуля с именем Bio

[[email protected] Downloads](17:32)$ sudo pip2.7 install biopython 
You are using pip version 6.1.1, however version 7.1.0 is available. 
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command. 
Collecting biopython 
/usr/lib/python2.7/site-packages/pip/_vendor/requests/packages/urllib3/util/ssl_.py:79: InsecurePlatformWarning: A true SSLContext object is not available. This prevents urllib3 from configuring SSL appropriately and may cause certain SSL connections to fail. For more information, see https://urllib3.readthedocs.org/en/latest/security.html#insecureplatformwarning. 
    InsecurePlatformWarning 
    Downloading biopython-1.65.tar.gz (12.6MB) 
    100% |████████████████████████████████| 12.6MB 33kB/s 
Installing collected packages: biopython 
    Running setup.py install for biopython 
Successfully installed biopython-1.65

А потом

[[email protected] Downloads](17:32)$ ipython 
Python 2.7.9 |Anaconda 2.2.0 (64-bit)| (default, Mar 9 2015, 16:20:48) 

In [1]: import Bio 
--------------------------------------------------------------------------- 
ImportError        Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-1-a7440e1156be> in <module>() 
----> 1 import Bio 

ImportError: No module named Bio

Что я делаю неправильно?

EDIT

Я попытался установить biopython с помощью

sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython

и установил его в /usr/lib/python2.7/site-packages/biopython-1.65-py2.7-linux -x86_64.egg /. Не работает.

Затем я попытался установить его с помощью той же команды без Sudo:

easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython

который установил его в /home/mike/anaconda/lib/python2.7/site-packages/biopython-1.65- py2.7-linux-x86_64.egg

И это сработало! И для ipython, и для python. Но почему это сработало ...?

источник

2015-07-29 Mike

Вы используете anaconda, а не тот пакет, который был установлен для –

. Чтобы установить его для интерпретатора Anaconda, используйте 'conda install ...' вместо – jonrsharpe

Это также не работает с обычным Python. – Mike

Это не очень хорошая практика для sudo pip, так как она может устанавливать вещи под правами root, которые обычно не предоставляются обычной программе.

Проблема, вероятно, лежит в пути библиотеки. Наиболее информативные инструменты будут

import sys 
print (sys.path)

which python 
pip --version

И использовать pip install biopython --user заменить sudo pip

источник

2017-10-25 20:32:40 shouldsee

Нужно быть очень осторожным при использовании pip и тому подобное, что pip который согласуется с предполагаемым интерпретатором Python.

Я вижу, что вы пытаетесь импортировать Bio из интерпретатора Python, который вы получаете, набрав ipython. Вы можете убедиться, что вы вызываете pip именно такого переводчика, как так:

sudo ipython -m pip install biopython

Обратите внимание, что установка не только для я питона. Это - это, но исключительно для любой установки Python, установленной на ipython.

источник

2017-10-25 20:45:52

Установка Biopython: ImportError: нет модуля с именем Bio

ответ

Смежные вопросы