Согласно Graphviz's PyPI page, она доступна для Python 3.
В Ubuntu убедитесь, что вы Graphviz с:
sudo apt-get install python3-pygraphviz
Возможно Python3 не может найти свой установленный Graphviz? Вы установили его, например,
python3 -m pip install graphviz
В Ubuntu вы можете попробовать:
sudo apt-get install python3-pip
pip3 install graphviz
Вы не сказали нам, что ваша система, которая может повлиять на совет вы дали.
Если вы работаете в Windows, я обычно рекомендую установить Anaconda и использовать его диспетчер пакетов (он поставляется практически со всеми вещами, но не с графическим интерфейсом, поэтому вам придется использовать его диспетчер пакетов для установки, но я бы ожидайте, что он будет работать вне ворот, как только вы его установили).
Если вы на Mac или Linux, попробуйте установить с помощью команды я дал выше (или любой вашему Python 3 исполняемый использует.)
Я не знаю, если есть модуль для этого специально, но любое xml-модуль, такой как ElementTree, может сделать реализацию довольно хорошо. –