htsjdk прерывистого индексированный FASTA чтение errror

Question

У меня есть проблема с перерывами получает исключение из htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile:

htsjdk.samtools.SAMException: словарь последовательности и индекс содержат разное количество контигов или htsjdk .samtools.SAMException: Невозможно получить ...

Проблема в том, что я вызываю один и тот же код снова и снова и получаю эту ошибку с перерывами.

Я предлагаю, чтобы сообщение об ошибке фактически вводило в заблуждение, особенно в случае ответа словаря последовательности.

Answer 1

В конечном итоге я отследил это до исключения прерывания потока.
В программе использовалось несколько потоков, каждый из которых имеет собственный экземпляр читателя fasta. Я переработал программное обеспечение, чтобы я не вызывал прерывание в потоке и не закрывался другим механизмом, но для отслеживания потребовалось довольно много времени.

Возможно очевидное в ретроспективе.

Предложение htsjdk.samtools должно пытаться уловить исключения прерываний, чтобы было легче выявить, в чем проблема.