У меня есть следующий патч в команде, изменить название хромосом: for file in /myoldpath/*.bam; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; samtools view -H $file | sed -e 's/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/'
с помощью Sam-tools API Java, как я получаю seq. между началом и концом я пишу следующий метод, который выдает исключение. этот метод пишет, чтобы получить последовательность из файла. метод здесь иде
Я использую python/pysam для анализа данных последовательности. В его учебнике (pysam - An interface for reading and writing SAM files) для команды mate сказано: «Этот метод слишком медленный для обра
Я пытаюсь отфильтровать вставки и удаления из файла mpileup txt. Примером вставки или удаления будет + 3ATG или -9AATCGTCTC. В другом посте я нашел решение с помощью Perl: regular expression that refe
У меня есть эта программа под названием samtools (версия 1.3), которая используется для управления файлами, которые вы получаете из экспериментов по секвенированию ДНК. Загруженная программа содержитс